结论：针对有社会资金的项目本该签三方协议却签了双方协议的情况，这确实可能带来一定的法律风险和操作上的不便。不过，具体影响及应对措施需根据实际情况来详细分析。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、法律风险分析
合同效力问题：
- 双方协议在法律上通常是有效的，只要它符合合同成立的基本要素（如双方意思表示真实、内容合法、不违反公序良俗等）。然而，如果项目本身涉及多方利益，且原本设计为三方协议以明确各方权利和义务，那么仅签订双方协议可能导致某些利益相关方的权益无法得到充分保障。
责任划分问题：
- 在三方协议中，各方的责任和义务通常会被明确划分。而在双方协议中，如果未对原本应由第三方承担的责任进行妥善安排，可能会导致责任划分不清，进而引发纠纷。
履行障碍：
- 如果项目的实施需要第三方的参与或配合，而双方协议中未对此进行约定，那么在实际履行过程中可能会遇到障碍，甚至导致项目无法顺利进行。
二、应对措施建议
补充协议：
- 如果可能，建议与原本应参与的第三方协商，签订补充协议以明确其权利和义务。这样可以在不改变原双方协议主体框架的前提下，完善合同内容，降低法律风险。
合同变更：
- 如果双方协议中的某些条款与项目实际情况不符，或者需要第三方参与才能履行，可以考虑与合同相对方协商变更合同内容，将其改为三方协议或增加相关条款以明确第三方的地位和责任。
法律风险评估与防范：
- 在签订或变更合同前，建议进行法律风险评估，识别潜在的法律风险点，并制定相应的防范措施。例如，可以咨询专业律师，对合同条款进行审查，确保合同的合法性和有效性。
保留证据：
- 在合同履行过程中，建议保留好与合同相关的所有证据，如邮件、短信、聊天记录、付款凭证等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用，有助于证明各方的权利和义务以及合同的履行情况。
三、特殊情况考虑
如果第三方拒绝参与：
- 如果原本应参与的第三方拒绝签订补充协议或变更合同，那么需要评估该第三方对项目的重要性以及其对合同履行的影响。如果第三方是项目不可或缺的一部分，那么可能需要考虑重新寻找合作伙伴或调整项目方案。
如果合同已经履行一部分：
- 如果合同已经履行了一部分，且发现签订双方协议存在风险，那么需要谨慎处理。一方面，可以继续履行合同，但同时加强风险防范措施；另一方面，也可以与合同相对方协商变更合同内容或签订补充协议以降低风险。
最后，针对这种情况，建议根据实际情况采取相应的应对措施，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。