当公司发现员工存在职务侵占行为时，这是一个需要迅速、果断且合法处理的问题，以保护公司财产、维护正常经营秩序，并预防类似事件再次发生。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：
一、立即响应与初步调查
停止工作权限：一旦发现职务侵占行为，应立即停止涉事员工的所有工作权限，包括访问公司系统、处理公司财物等，以防止侵占行为继续扩大。
保持冷静并初步核实：企业应保持冷静，避免情绪化决策。通过内部审计、财务检查等方式，对涉嫌职务侵占的行为进行初步核实，了解具体情况和损失程度。
保护现场与证据：确保现场不受破坏，防止证据被销毁或篡改。对于易逝的电子证据，如邮件、交易记录等，应尽快进行备份和保存。
二、全面调查与证据收集
组成专业调查小组：由法务、财务、人力资源等部门的专业人员组成调查小组，确保调查的公正性和专业性。
全方位收集证据：
确保证据真实性：对收集到的证据进行仔细甄别，确保其真实、完整，以便在后续法律程序中发挥关键作用。
三、内部沟通与报告
内部沟通：及时与相关部门负责人和员工进行沟通，了解事件背景，评估影响范围，并寻求解决方案。
向上级报告：将调查结果和初步处理意见向上级领导或董事会报告，争取支持和指导。
四、法律途径解决
协商解决：尝试与涉事员工沟通，要求其返还财物或赔偿损失。保留沟通记录以备后续使用。
刑事报案：若协商无果，且职务侵占行为涉嫌犯罪，企业应立即向公安机关报案，并提供详实证据，协助调查。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，职务侵占行为可能构成职务侵占罪。
民事诉讼：除了刑事追责外，企业还可以选择通过民事诉讼的方式，要求侵占人返还财产或赔偿损失。在诉讼过程中，企业需要提供充分的证据证明自己的主张。
五、内部处理与制度完善
内部调查与处理：根据调查结果，对涉事员工进行相应处理，如警告、罚款、解雇等。
制度审查与整改：
加强员工培训与教育：定期开展法律法规和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业操守，预防职务侵占行为的发生。
六、后续跟进与处理
配合调查：在案件处理过程中，企业应积极配合司法机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
执行判决：如果法院作出判决或裁定，企业应按照法律规定执行相关判决或裁定，维护自身合法权益。
总结经验：案件处理后，企业应认真总结经验教训，分析事件发生的原因和漏洞，进一步完善内部管理制度和防范措施。
通过以上步骤，企业可以妥善处理员工职务侵占行为，保护公司财产权益，维护正常经营秩序，并预防类似事件再次发生。