结论：在股权转让协议已签字且转让款已支付，但因工商查封未完成股权变更登记的情况下，转让人在法律上仍可能被视为公司的股东，但受让人可依据协议主张相应权益。具体分析如下：

1. 股权变更登记的法律意义：

   • 股权变更登记是股权转让行为生效及对抗第三人的重要法律程序。根据《公司法》及相关规定，股权转让后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。同时，公司应向工商行政管理部门申请变更登记。
   • 未经工商变更登记，股权转让行为在法律上虽不直接无效，但不得对抗善意第三人。这意味着，在工商变更登记完成前，转让人在法律上可能仍被视为公司的股东，其股东权利和义务可能仍受法律保护。

2. 转让人与受让人的权利义务：

   • 转让人：在股权转让协议签订且转让款已支付的情况下，转让人有义务配合受让人完成股权变更登记手续。若因转让人原因（如故意隐瞒股权被查封的事实）导致无法完成变更登记，转让人可能构成违约，需承担相应的违约责任。
   • 受让人：受让人有权要求转让人履行股权变更登记的义务。同时，若因工商查封导致无法完成变更登记，受让人可依据股权转让协议中的相关条款（如违约责任条款）主张权利，要求转让人返还转让款、赔偿损失等。

3. 工商查封对股权转让的影响：

   • 工商查封通常意味着公司的股权或资产存在法律纠纷或债务问题，导致股权无法自由转让。在查封期间，股权变更登记可能无法完成。
   • 若受让人在签订股权转让协议时已知悉股权被查封的情况，并仍愿意受让股权，则其应自行承担由此产生的风险。若受让人在签订协议时不知悉该情况，则有权要求转让人承担违约责任。

4. 建议与措施：

   • 转让人：应积极配合受让人完成股权变更登记手续，若因自身原因导致无法完成变更登记，应主动与受让人协商解决方案，并承担相应的违约责任。
   • 受让人：在签订股权转让协议前，应充分了解公司的股权状况、资产状况及法律纠纷情况，以降低风险。若已签订协议但发现股权被查封，应及时与转让人沟通，要求其履行变更登记义务或承担违约责任。同时，受让人也可考虑通过法律途径（如诉讼、仲裁等）维护自身权益。

进一步思考：在实际操作中，股权转让协议的签订和履行可能涉及多个法律环节和复杂情况。因此，在签订股权转让协议前，建议双方充分咨询专业律师的意见，确保协议的合法性和有效性。若遇到法律纠纷或问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和解决方案。