结论：修高速公路只补偿房屋而不补偿猪苗，这种做法是否合法不能一概而论，需根据具体情况判断。 以下从不同角度进行分析：

1. 补偿范围与标准

   • 根据《土地管理法》及相关规定，征地拆迁补偿通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等。其中，地上附着物一般指房屋、树木等固定在土地上的物体，而青苗则指农作物、林木等正在生长的植物。
   • 猪苗作为养殖物，其性质可能更接近于“养殖设施”或“养殖物”而非简单的“地上附着物”或“青苗”。但具体是否属于补偿范围，需参考当地的具体拆迁补偿政策或规定。有些地方可能将养殖物明确纳入补偿范围，而有些地方则可能未明确提及。

2. 地方政策与规定

   • 拆迁补偿的具体标准和范围往往由地方政府根据当地实际情况制定。因此，不同地区对于猪苗是否补偿、如何补偿的规定可能存在差异。
   • 如果当地政策或规定中明确包含了养殖物的补偿，那么只补偿房屋而不补偿猪苗的做法显然是不合法的。反之，如果当地政策或规定中未提及养殖物的补偿，那么这种做法可能在一定程度上具有合理性，但也可能引发争议。

3. 实际操作与协商

   • 在实际操作中，拆迁方和被拆迁方往往可以通过协商来确定具体的补偿方案。如果被拆迁方认为猪苗应当得到补偿，可以与拆迁方进行沟通协商，争取达成双方都能接受的补偿协议。
   • 如果协商无果，被拆迁方还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如提起行政诉讼或申请行政复议等。

4. 法律建议

   • 对于被拆迁方而言，首先应当了解当地的具体拆迁补偿政策或规定，明确猪苗是否属于补偿范围。
   • 如果认为自己的权益受到侵害，可以及时收集相关证据（如养殖记录、照片、视频等），并与拆迁方进行沟通协商。
   • 如果协商无果，建议咨询专业律师（如我，王辉律师，专注于房产纠纷等领域），了解自己的法律权益和可能的维权途径。

可能后果：如果拆迁方只补偿房屋而不补偿猪苗，且这种做法违反了当地政策或规定，被拆迁方有权要求拆迁方进行补足补偿或采取其他补救措施。如果拆迁方拒绝履行，被拆迁方可以通过法律途径来维护自己的合法权益。