结论：当单位发现多发了工资给员工，而员工拒绝退还时，单位有权要求员工返还不当得利，并可以通过协商、调解、劳动仲裁、民事诉讼以及寻求劳动保障行政部门的帮助等多种合法途径来解决这一问题。同时，单位也应加强内部管理，避免类似情况再次发生。
详细分析：
法律基础与协商要求退还
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因他人没有法律根据取得不当利益，受损失的人有权请求其返还不当利益。在此情境下，员工没有合法依据获得额外的工资，因此应当退还给单位。
- 协商步骤：
- 内部沟通：单位应首先由财务部门或人力资源部门以友好、平和的态度与员工联系，明确指出工资多发的事实，并提供相应的工资计算明细、转账记录等作为证明。从道德和法律层面说明需要退还的理由，并设定合理的退还期限。
- 书面通知：若口头沟通无效，单位可发出正式的书面通知，通过电子邮件、挂号信等方式送达员工，明确阐述多发工资的金额、时段、原因，并再次设定合理期限要求退还，同时告知可能的后续措施。
法律途径与争议解决
- 劳动争议调解：若员工仍拒绝退还，单位可向劳动争议调解组织申请调解，如企业劳动争议调解委员会或依法设立的基层人民调解组织，以寻求中立机构的协助来解决问题。
- 劳动仲裁：若调解无果，单位可向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，这是解决劳动争议的正式法律程序。在仲裁过程中，单位需提供充分证据证明多发工资的事实。
- 申请支付令：单位还可根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，向有管辖权的基层人民法院申请支付令，要求员工退还多发工资。若员工在规定期限内既不提出书面异议又不履行支付令，单位可申请强制执行。
- 民事诉讼：若支付令不适用或执行受阻，单位可直接向人民法院提起民事诉讼，要求员工返还多发的工资。在诉讼过程中，单位需提供充分证据支持其主张，如工资发放记录、银行转账凭证、沟通记录等。
- 寻求劳动保障行政部门的帮助：单位还可向劳动保障行政部门举报或投诉，根据《劳动保障监察条例》的规定，请求行政部门介入调查并协助解决纠纷。
内部处理与预防措施
- 内部处理：根据单位规章制度，对员工进行纪律处分，如警告、罚款等，以维护单位的管理秩序。但需注意，处分应合法合规，且不得侵犯员工的合法权益。
- 预防措施：为避免类似情况的发生，单位应加强财务管理和内部审计，确保工资发放的准确性和合规性。同时，定期对员工进行法律法规培训，提高员工的法律意识，使其了解不当得利的法律责任和后果。
特殊情况下的处理：
- 若员工行为构成侵占罪（根据《中华人民共和国刑法》的相关规定），即员工将代为保管的单位财物非法占为己有，数额较大且拒不退还的，单位在必要时可报警处理，追究员工的刑事责任。但这种情况较为极端，且需满足一定的构成要件。
建议：
- 在处理此类问题时，单位应保持冷静和理性，依靠法律武器维护自身合法权益。
- 同时，单位也应加强内部管理，完善工资发放制度，避免类似情况再次发生。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。