结论：建筑工程一般纳税人收取实际施工人11.89%的税是否合法，不能一概而论，需结合具体税种、税率及税收政策综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、从税种及税率角度分析
增值税：
- 在建筑工程领域，增值税是主要的税种之一。一般纳税人提供建筑服务，税率通常为9%（根据最新的税收政策，部分情况下可能有所调整，但11.89%并非标准税率）。
- 如果实际施工人是一般纳税人，且提供的建筑服务符合增值税应税条件，那么应按照规定的税率（如9%）计算并缴纳增值税。此时，若收取11.89%的税，则明显高于法定税率，可能不合法。
- 如果实际施工人是小规模纳税人，可能享受增值税减免政策或按照简易计税方法计算缴纳增值税，税率通常较低（如3%）。在此情况下，收取11.89%的税同样可能不合法。
其他税种：
- 除了增值税外，建筑工程还可能涉及城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等附加税费，以及企业所得税或个人所得税等。
- 这些税费的计算和缴纳均需遵循相关法律法规的规定，不能随意设定税率或税额。因此，若收取的11.89%的税中包含了这些附加税费或所得税，也需根据具体税率和计税依据来判断其合法性。
二、从税收政策角度分析
- 税收政策是不断变化的，国家会根据经济形势和财政需要调整税收政策。因此，在判断收取11.89%的税是否合法时，需考虑当前的税收政策。
- 如果当前的税收政策中并未规定建筑工程领域可以收取11.89%的税，那么这种行为很可能不合法。
- 即使税收政策中有所规定，也需仔细审查相关规定的内容、适用范围和条件等，以确保收取的税费符合政策要求。
三、从合同角度分析
- 建筑工程合同是明确双方权利和义务的重要文件。在合同中，通常会约定税费的承担方式和计算方法。
- 如果合同中明确规定了税费的承担方式和计算方法，且收取的11.89%的税符合合同约定，那么这种行为在合同层面可能是合法的。
- 但是，即使合同中有相关约定，也需确保该约定不违反法律法规的强制性规定和税收政策的要求。否则，该约定可能无效或部分无效。
四、法律建议
- 审查税收政策：建议首先审查当前的税收政策，了解建筑工程领域应缴纳的税费种类、税率和计税依据等。
- 审查合同条款：仔细审查建筑工程合同中的税费条款，确保收取的税费符合合同约定且不违反法律法规和税收政策的要求。
- 咨询专业机构：如果对税收政策或合同条款存在疑问或不确定之处，建议咨询专业的税务机构或律师事务所进行进一步确认和解释。
总结：建筑工程一般纳税人收取实际施工人11.89%的税是否合法，需结合具体税种、税率、税收政策以及合同条款等多方面因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。