结论：银行独立保函中约定纠纷管辖法院为受益人所在地，对保函申请人通常具有约束力，但具体效力需结合保函条款、相关法律规定及案件具体情况综合判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同相对性原则：

   • 银行独立保函本质上是一种合同关系，涉及申请人、受益人和银行三方。根据合同相对性原则，合同中的条款（包括管辖法院约定）原则上仅对合同当事人具有约束力。
   • 在此情况下，若保函中明确约定了纠纷管辖法院为受益人所在地，且该约定不违反法律强制性规定或公序良俗，则该约定对保函申请人（即保函的开具方）和受益人（即保函的接收方）均具有约束力。

2. 独立保函的独立性：

   • 独立保函具有独立性，即其效力不受基础交易合同的影响。这意味着，即使基础交易合同中的管辖法院约定与保函中的约定不同，保函中的管辖法院约定仍然有效。
   • 因此，如果保函中明确约定了纠纷管辖法院为受益人所在地，且该约定符合独立保函的特性，那么该约定对保函申请人具有约束力，不受基础交易合同管辖约定的影响。

3. 法律规定与司法实践：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。
   • 在司法实践中，如果保函中的管辖法院约定符合上述法律规定，且没有违反级别管辖和专属管辖的规定，那么该约定通常会被法院认可并执行。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果保函中的管辖法院约定存在模糊不清、显失公平或违反法律强制性规定等情况，那么该约定的效力可能会受到质疑。
   • 此外，如果保函申请人能够证明该约定是在受到欺诈、胁迫等不正当手段下作出的，那么该约定也可能被认定为无效。

法律建议：

• 对于保函申请人而言，在签订保函时，应仔细审查保函中的管辖法院约定，确保该约定符合自身利益且不违反法律规定。
• 如果对保函中的管辖法院约定存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便在纠纷发生时能够维护自身合法权益。

可能法律后果：

• 如果保函中的管辖法院约定有效且被法院认可，那么在发生纠纷时，保函申请人可能需要到受益人所在地法院进行诉讼，这可能会增加诉讼成本和时间成本。
• 如果保函中的管辖法院约定无效或被法院否定，那么纠纷可能将按照法定管辖原则（如被告住所地或合同履行地等）进行审理。