针对外企注册资金大于1000万美元时涉及仲裁的情况，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 仲裁协议的效力与适用
   若外企与合同相对方（如供应商、合作伙伴等）在合同中明确约定了仲裁条款（如“因本合同产生的争议提交XX仲裁委员会仲裁”），则双方需受该条款约束。此时需重点审查：

   • 仲裁条款的合法性：需符合中国《仲裁法》第16条要求（如仲裁事项具有可仲裁性、仲裁机构明确等），若条款存在瑕疵（如未约定具体仲裁机构），可能被认定为无效；
     
   • 注册资金与仲裁管辖的关系：注册资金金额本身不影响仲裁协议效力，但若争议涉及公司设立、出资等公司法事项，需确认是否属于仲裁范围（如股东出资纠纷可能需通过诉讼解决）；
     
   • 国际仲裁条款的特殊性：若约定境外仲裁机构（如ICC、SIAC），需注意中国法院对境外仲裁裁决的承认与执行条件（如是否违反中国公共政策）。

2. 仲裁程序中的关键操作

   • 仲裁机构选择：根据合同约定或双方补充协议确定仲裁机构（如中国国际经济贸易仲裁委员会CIETAC、北京仲裁委员会BAC等），不同机构在规则、费用、效率上存在差异；
     
   • 证据提交与语言要求：外企需准备中英文双语证据材料（若仲裁规则要求），并注意涉外证据的公证认证程序（如境外形成的文件需经中国驻外使领馆认证）；
     
   • 临时措施申请：若需冻结对方资产或保全证据，可依据《仲裁法》第28条向仲裁机构申请财产保全，再由仲裁机构转交有管辖权的法院裁定。

3. 仲裁裁决的执行与挑战

   • 国内执行：若仲裁裁决在中国作出，可依据《民事诉讼法》第244条直接向被执行人住所地或财产所在地的中级人民法院申请强制执行；
     
   • 境外执行：若需在境外执行中国仲裁裁决，需依据《纽约公约》向目标国法院申请承认与执行，需注意目标国对公共政策、程序公正性的审查标准；
     
   • 裁决撤销与不予执行：若存在《仲裁法》第58条规定的情形（如无仲裁协议、裁决超出约定范围等），可向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决或不予执行。

建议行动步骤：

1. 立即审查合同中的仲裁条款，确认其有效性及适用范围；
   
2. 收集与争议相关的全部证据（包括合同、付款记录、沟通记录等），并完成涉外证据的公证认证；
   
3. 根据争议金额、对方财产分布等因素，评估国内/境外仲裁的优劣；
   
4. 若需启动仲裁，尽快向选定的仲裁机构提交仲裁申请书及证据材料。
   

如有进一步细节（如争议类型、合同条款内容等），可随时补充说明，我将为你提供更具体的分析。