针对员工用虚假身份入职，多年后被企业发现这一情况，企业可以采取以下措施：

1. 立即调查核实：企业应首先对员工提供的虚假身份信息进行全面调查核实，包括但不限于通过公安部门、相关机构或第三方背景调查公司等渠道，确认员工入职时所使用的身份信息的真实性及虚假程度。这是后续处理的基础，有助于企业准确判断问题的严重性和可能面临的法律风险。

2. 评估影响与损失：在确认员工使用虚假身份入职后，企业需要评估这一行为对企业造成的实际影响和潜在损失。这包括但不限于员工在职期间的工作表现、是否因虚假身份导致企业遭受经济损失（如工资、福利、社保等费用的不当支付）、是否影响企业与其他方的合同关系或商业信誉等。

3. 依法处理劳动关系：

   • 解除劳动合同：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，劳动合同无效或者部分无效。企业有权以此为由解除与该员工的劳动合同，且无需支付经济补偿金。
   • 追偿损失：如果员工因虚假身份入职给企业造成了经济损失，企业有权在解除劳动合同的同时，要求员工赔偿相应的损失。这包括但不限于企业已支付的工资、福利、社保费用中因虚假身份而多支付的部分，以及因员工行为导致的其他直接经济损失。

4. 考虑法律责任与风险防控：

   • 行政责任：虽然员工使用虚假身份入职主要涉及民事法律关系，但企业也应关注是否可能因此面临行政处罚。例如，如果企业未尽到合理的审查义务，可能在一定程度上承担管理责任。但通常情况下，这一责任相对较轻，且更多体现在对内部管理流程的完善上。
   • 刑事责任风险：在极少数情况下，如果员工使用虚假身份入职涉及更严重的违法行为（如伪造国家机关证件等），企业应及时向公安机关报案，并配合调查。同时，企业也应评估自身是否因员工行为而面临刑事责任风险，并采取相应措施进行防控。

5. 完善内部管理流程：为了避免类似情况再次发生，企业应完善入职审查流程，加强对员工身份信息的核实工作。这可以包括要求员工提供更多的身份证明文件、进行背景调查、与公安部门建立信息共享机制等。同时，企业还应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和诚信意识。

6. 寻求法律支持：在处理此类问题时，企业可能会遇到各种法律难题和挑战。因此，建议企业及时寻求专业的法律支持，以便更好地维护自身权益和应对潜在的法律风险。你可以直接向我咨询相关法律问题，我会为你提供清晰、详细、有深度的解答。