结论：合同在仲裁时被在原件上改动并加盖公章，其效力需根据具体情况判断，不一定直接无效，但改动可能影响合同的真实性和证明力，甚至导致合同部分或全部无效。以下从不同角度详细分析：

一、合同改动对效力的直接影响

1. 改动是否构成对合同内容的实质变更

   • 如果改动涉及合同的核心条款（如标的、数量、质量、价款、履行期限、违约责任等），且未经双方协商一致，可能构成对合同的实质变更。根据《民法典》的相关规定，未经对方同意，单方变更合同内容的，变更部分对对方不发生效力。
   • 举例：原合同约定工资为每月5000元，仲裁时被改动为每月3000元，且未得到员工同意，则该改动对员工不发生效力。

2. 改动是否影响合同的真实性和证明力

   • 合同原件是证明合同关系存在及内容的重要证据。如果合同在仲裁时被改动，尤其是关键条款被改动，可能引发对合同真实性的质疑，从而影响其证明力。
   • 举例：合同中的工作期限被从“一年”改动为“半年”，且改动处加盖了公章，但员工否认该改动，此时合同的真实性和证明力可能受到质疑。

二、公章加盖对改动效力的影响

1. 公章加盖是否代表公司真实意思表示

   • 公章是公司对外表示意思的重要工具。如果公章加盖是真实的，且加盖人具有代表公司或授权加盖公章的权限，则公章加盖可能被视为公司对改动内容的认可。
   • 但需注意：即使公章加盖真实，如果改动内容未经员工同意或违反法律法规的强制性规定，改动仍然可能无效。

2. 公章加盖是否存在瑕疵

   • 如果公章加盖存在瑕疵（如公章被盗用、冒用，或加盖人无权代表公司等），则公章加盖不能代表公司的真实意思表示，改动内容对公司不发生效力。
   • 举例：公司公章被员工私自加盖在改动后的合同上，且公司对此不知情或不同意，则该改动对公司不发生效力。

三、法律后果及建议

1. 法律后果

   • 如果改动被认定为无效或部分无效，合同将按照原有效条款或法定条款继续履行或解除。
   • 如果改动涉及违法或损害国家、集体或第三人利益，改动可能被认定为全部无效，且相关责任人可能承担法律责任。

2. 建议

   • 对于员工：如果发现合同被改动且未得到自己同意，应及时收集证据（如原合同复印件、沟通记录等）以证明改动非自己真实意思表示，并在仲裁或诉讼中提出异议。
   • 对于公司：应严格管理公章使用，避免公章被盗用、冒用；在改动合同时，应确保改动内容得到双方协商一致，并保留相关证据以证明改动合法有效。

最后，合同在仲裁时被改动并加盖公章是一个复杂的问题，其效力需根据具体情况判断。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。