员工偷盖公章偷改合同款项的行为，在法律上通常是无效的，且可能涉及违法犯罪。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、合同效力角度
合同变更需双方同意：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的变更应当经当事人协商一致。员工偷盖公章偷改合同款项，显然未经合同另一方当事人的同意，因此这种变更行为在法律上是无效的。
表见代理的例外：虽然一般情况下，未经同意的合同变更无效，但如果存在表见代理的情形，即相对人有理由相信行为人有代理权，那么合同变更可能对相对人产生法律效力。然而，在偷盖公章偷改合同的情况下，很难构成表见代理，因为相对人通常无法合理相信行为人有权进行此类变更。
二、法律责任角度
民事责任：员工偷盖公章偷改合同款项，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。公司有权要求员工赔偿因合同变更而遭受的直接经济损失。
刑事责任：如果员工的偷盖公章偷改合同行为涉及伪造公司印章、诈骗等违法犯罪行为，那么员工还可能面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，伪造公司印章罪、诈骗罪等均可能构成，并可能受到相应的刑事处罚。
三、公司管理角度
加强公章管理：公司应加强对公章的管理，确保公章的使用受到严格的控制和监督。可以采取设置公章使用登记制度、指定专人负责公章保管等措施，以防止公章被滥用。
完善合同审查流程：公司应完善合同审查流程，确保合同的变更和签订都经过严格的审查和批准。可以设立合同审查委员会或指定专人负责合同审查工作，以确保合同的合法性和有效性。
四、实际操作建议
立即采取措施：一旦发现员工偷盖公章偷改合同款项的行为，公司应立即采取措施，包括但不限于停止合同变更的履行、要求员工赔偿损失、向公安机关报案等。
保留证据：公司应妥善保留与员工偷盖公章偷改合同相关的证据，包括但不限于合同文本、公章使用记录、员工行为记录等。这些证据在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。
如有任何关于保险理赔、建设工程领域或合同纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答。