结论：在三级孙公司工作但合同签二级母公司，这种做法是否合法需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 如果存在合法有效的劳务派遣或关联交易安排：

   • 在某些情况下，企业集团内部可能通过劳务派遣或关联交易的方式，将员工安排在三级孙公司工作，但劳动合同与二级母公司签订。这种做法如果符合相关法律法规的规定，如劳务派遣需遵守《劳务派遣暂行规定》，且关联交易需公平合理，不损害员工权益，那么这种安排是合法的。
   • 法律依据：根据《劳务派遣暂行规定》，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在用工单位因工作遭受事故伤害的，劳务派遣单位应当依法申请工伤认定，用工单位应当协助工伤认定的调查核实工作。若此安排符合劳务派遣规定，且合同内容合法，则合法有效。

2. 如果不存在合法有效的劳务派遣或关联交易安排，且员工对此不知情或不同意：

   • 如果三级孙公司并未通过合法程序（如劳务派遣）将员工安排至其处工作，而是直接让员工在三级孙公司工作，但劳动合同却与二级母公司签订，且员工对此并不知情或不同意，这种做法可能构成对员工权益的侵害。
   • 法律后果：员工有权要求确认与实际用工单位（三级孙公司）存在劳动关系，并要求三级孙公司承担相应的法律责任，如支付工资、缴纳社会保险等。同时，二级母公司作为劳动合同签订方，也可能因未履行劳动合同约定的义务而承担法律责任。

3. 如果员工对此知情并同意：

   • 如果员工在签订劳动合同时，明知自己将在三级孙公司工作，但仍同意与二级母公司签订劳动合同，且这种安排并未违反相关法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合法的。但这种情况下，员工应确保自己的权益得到充分保障，如要求在劳动合同中明确工作地点、工作内容、工资待遇等关键条款。

建议：

• 对于员工而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的工作地点、工作内容、工资待遇等关键信息。如果发现合同内容与实际情况不符或存在模糊之处，应及时向用人单位提出质疑并要求澄清。
• 对于用人单位而言，应遵守相关法律法规的规定，确保劳动合同的签订和履行合法合规。如果需要通过劳务派遣或关联交易的方式安排员工工作，应确保相关程序合法有效，并充分保障员工的权益。

后续行动：

• 如果您对此类问题存在疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。