结论：项目部内部承包协议若违法，则该合同一般无效，但具体还需根据违法情形及法律规定来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效的法定情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，有下列情形之一的，合同无效：
无民事行为能力人实施的民事法律行为：如果签订内部承包协议的一方是无民事行为能力人，如未成年人或精神病人，则该协议无效。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为：如果双方签订内部承包协议时，并非出于真实意愿，而是以虚假的意思表示进行，则该协议无效。
违反法律、行政法规的强制性规定：如果内部承包协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如违反建筑法关于施工资质的规定，则该协议无效。这是判断内部承包协议是否违法及合同是否有效的关键依据。
违背公序良俗：如果内部承包协议的内容违背了社会公德或公共秩序，如涉及贿赂、欺诈等不正当行为，则该协议无效。
行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益：如果双方签订内部承包协议时存在恶意串通，损害国家、集体或第三人利益的情况，则该协议无效。
二、项目部内部承包协议违法的具体情形
在建设工程领域，项目部内部承包协议可能因以下情形而违法：
无资质或超越资质承包：如果项目部或承包人未取得相应的施工资质，或超越其资质等级承包工程，则内部承包协议违法。
违法分包或转包：如果项目部将工程违法分包或转包给无资质或不具备相应条件的单位或个人，则内部承包协议违法。
违反招投标规定：如果项目部在招投标过程中存在串标、围标等违法行为，或未按照招投标文件签订内部承包协议，则该协议违法。
其他违法行为：如内部承包协议中涉及行贿、受贿、偷税漏税等违法行为，则该协议同样违法。
三、合同无效的法律后果
如果项目部内部承包协议因违法而被认定无效，则根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，将产生以下法律后果：
返还财产：因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
赔偿损失：有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
收归国家或集体所有：如果双方恶意串通，实施民事行为损害国家、集体或第三人利益的，应当追缴双方取得的财产，收归国家、集体所有或者返还第三人。
四、建议与提醒
审查资质与合法性：在签订项目部内部承包协议前，务必审查双方的施工资质和协议内容的合法性，确保协议不违反法律、行政法规的强制性规定。
明确权利义务：在协议中明确双方的权利义务，包括工程范围、工期、质量、价款等关键条款，以避免后续纠纷。
咨询专业律师：如果对协议的法律效力或条款内容存在疑问，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
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