总包单位在承担责任后，确实有可能向农民工挂靠单位进行追偿，但具体能否追偿以及追偿的范围和条件，需根据实际情况和相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系与责任划分
总包单位与挂靠单位的关系：
- 总包单位与挂靠单位之间通常存在挂靠协议或类似安排，其中可能明确约定了双方的权利义务关系，包括责任承担。
- 若挂靠协议中明确约定了因农民工问题导致的责任由挂靠单位承担，则总包单位在承担责任后，有权依据该协议向挂靠单位追偿。
总包单位与农民工的关系：
- 总包单位作为用工单位，对农民工负有直接的管理和支付工资等义务。
- 若总包单位因农民工问题（如工伤、欠薪等）承担了法律责任，其有权根据实际情况和法律规定，向造成该问题的责任方（如挂靠单位）进行追偿。
二、追偿的法律依据
合同约定：
- 如前所述，若总包单位与挂靠单位之间的挂靠协议中明确约定了追偿条款，则总包单位可依据该条款进行追偿。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，因第三人的过错造成损害的，受害人有权向第三人追偿。
- 在总包单位与挂靠单位的关系中，若挂靠单位的行为（如管理不善、未支付工资等）导致总包单位承担了法律责任，则总包单位可视为受害人，有权向挂靠单位追偿。
三、追偿的实践操作
证据收集：
- 总包单位在追偿过程中，需收集充分证据证明挂靠单位存在过错或违约行为，以及该行为与总包单位承担责任之间的因果关系。
- 证据可能包括挂靠协议、农民工工资支付记录、工伤认定书、法院判决书等。
协商与诉讼：
- 总包单位可首先尝试与挂靠单位进行协商，寻求和解或达成追偿协议。
- 若协商无果，总包单位可向法院提起诉讼，要求挂靠单位承担追偿责任。
四、特殊情况与注意事项
挂靠协议的效力：
- 若挂靠协议因违反法律法规的强制性规定而被认定无效，则总包单位可能无法直接依据该协议进行追偿。
- 在此情况下，总包单位需依据其他法律规定或事实依据进行追偿。
总包单位的过错：
- 若总包单位在农民工问题上也存在过错（如未尽到管理义务、未及时支付工资等），则可能影响其追偿的金额或范围。
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方的过错程度，合理划分责任。
建议：总包单位在承担责任后，应及时收集证据，评估追偿的可行性和范围，并与挂靠单位进行协商。若协商无果，可寻求法律途径解决。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。