结论：公司一般不能直接起诉实际施工人要求赔偿亏损，但具体能否起诉及起诉的依据需根据实际情况判断，以下从不同角度进行分析。
一、合同相对性原则
在建设工程领域，合同相对性原则是一项基本原则。这意味着，合同关系只能发生在特定的主体之间，只有合同当事人一方能够向合同的另一方当事人基于合同提出请求或提起诉讼。
如果公司与实际施工人之间存在直接的合同关系：例如，公司直接与实际施工人签订了施工合同，且合同中明确约定了亏损的承担方式。在这种情况下，如果实际施工人因自身原因导致工程亏损，且该亏损按照合同约定应由实际施工人承担，那么公司有权依据合同起诉实际施工人，要求其赔偿亏损。
如果公司与实际施工人之间不存在直接的合同关系：例如，公司是与总承包人签订的施工合同，而实际施工人是总承包人分包或转包给的实际进行施工的人。在这种情况下，由于公司并非实际施工人的合同相对方，根据合同相对性原则，公司一般不能直接起诉实际施工人要求赔偿亏损。公司只能依据其与总承包人之间的合同关系，向总承包人主张权利。
二、实际施工人的法律地位及责任
实际施工人通常指的是在建设工程中实际进行施工，但并未与发包人（即公司）签订施工合同的单位或个人。实际施工人的法律地位及责任因其与发包人、总承包人之间的法律关系不同而有所差异。
如果实际施工人存在违法行为：例如，实际施工人存在偷工减料、使用不合格材料等违法行为，导致工程质量不合格或给公司造成其他损失。在这种情况下，公司虽然不能直接依据合同起诉实际施工人要求赔偿亏损，但可以依据《民法典》等相关法律法规，以侵权为由起诉实际施工人，要求其承担侵权责任，包括赔偿损失等。
如果实际施工人因管理不善等原因导致亏损：且该亏损并非由公司原因造成，那么公司一般无权要求实际施工人赔偿亏损。因为亏损是实际施工人自身经营管理的结果，与公司的合同关系无直接关联。
三、特殊情况下的起诉依据
在某些特殊情况下，公司可能找到其他起诉实际施工人的依据。例如：
实际施工人以发包人（公司）为被告主张权利时：根据相关司法解释，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案第三人，在查明发包人欠付转包人或者违法分包人建设工程价款的数额后，判决发包人在欠付建设工程价款范围内对实际施工人承担责任。虽然这并非公司直接起诉实际施工人要求赔偿亏损的情形，但在某些情况下，公司可能因此成为被告或第三人，并需要就相关亏损问题进行抗辩或主张权利。
公司存在过错或违约行为导致实际施工人亏损：如果公司的过错或违约行为是导致实际施工人亏损的原因之一，那么实际施工人可能有权依据合同或相关法律法规向公司主张赔偿。但这种情况并非公司起诉实际施工人，而是实际施工人起诉公司。
建议：公司在面对是否起诉实际施工人要求赔偿亏损的问题时，应首先审查其与实际施工人之间的合同关系及实际施工人的法律地位。如果公司与实际施工人之间存在直接的合同关系，且合同中明确约定了亏损的承担方式，那么公司可以依据合同起诉实际施工人。如果公司与实际施工人之间不存在直接的合同关系，或者亏损并非由实际施工人原因造成，那么公司一般无权直接起诉实际施工人要求赔偿亏损。在这种情况下，公司可以考虑通过其他途径解决亏损问题，如与总承包人协商、寻求法律援助等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。