结论：集团公司大股东怀疑控股子公司财产侵占时，应首先通过内部调查、审计等手段收集证据，确认是否存在财产侵占行为；若确认存在，则可依据公司章程、相关法律法规采取进一步措施，包括但不限于提起诉讼、要求赔偿等。
一、内部调查与证据收集
启动内部调查：
- 大股东作为集团公司的核心成员，有权对控股子公司的经营状况进行监督。一旦怀疑存在财产侵占行为，应立即启动内部调查程序。
- 调查可以由集团公司内部的审计部门、法务部门或专门成立的调查小组负责，确保调查的独立性和客观性。
收集证据：
- 调查过程中，应重点收集与财产侵占相关的证据，如财务记录、交易合同、银行流水等。
- 证据应真实、完整、合法，能够形成完整的证据链，以证明财产侵占行为的存在。
二、确认财产侵占行为
分析证据：
- 在收集到足够证据后，应对证据进行仔细分析，确认是否存在财产侵占行为。
- 分析过程中，可以聘请专业的会计师事务所或律师事务所协助，确保分析的准确性和专业性。
确认侵占主体与金额：
- 若确认存在财产侵占行为，应进一步明确侵占的主体（如子公司管理层、员工或外部合作伙伴）和侵占的金额。
- 这有助于后续采取针对性的法律措施，维护集团公司的合法权益。
三、采取法律措施
依据公司章程处理：
- 集团公司应首先查阅控股子公司的公司章程，了解对于财产侵占行为的处理规定。
- 若公司章程中有明确规定，可依据章程规定采取相应措施，如要求侵占者返还财产、赔偿损失等。
提起诉讼：
- 若公司章程未规定或规定不明确，或侵占者拒绝履行返还、赔偿等义务，集团公司可考虑向法院提起诉讼。
- 诉讼过程中，应提交充分的证据证明财产侵占行为的存在和侵占金额，以支持自己的诉讼请求。
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，股东有权对侵害公司利益的行为提起诉讼，维护公司及股东的合法权益。
要求赔偿与追责：
- 若法院认定存在财产侵占行为，集团公司可要求侵占者返还财产、赔偿损失，并可能追究其法律责任。
- 赔偿范围应包括直接损失和间接损失，如因财产侵占导致的利润减少、商誉损害等。
四、后续预防与监督
完善内部控制制度：
- 集团公司应督促控股子公司完善内部控制制度，加强财务管理和审计监督，防止类似财产侵占行为再次发生。
- 内部控制制度应包括明确的财务审批流程、内部审计机制、员工行为规范等。
加强监督与培训：
- 集团公司应加强对控股子公司的日常监督，定期对其经营状况进行审计和评估。
- 同时，应加强对子公司管理层和员工的法律培训，提高其法律意识和合规意识，减少违法违规行为的发生。
五、特殊情况处理
若侵占者为公司内部人员：
- 若财产侵占行为由子公司内部人员（如管理层、员工）实施，集团公司除采取上述法律措施外，还可考虑依据公司章程或劳动合同对其进行处理，如解除劳动合同、追究内部责任等。
若侵占者涉及刑事犯罪：
- 若财产侵占行为涉嫌刑事犯罪（如职务侵占罪、挪用资金罪等），集团公司应及时向公安机关报案，配合司法机关进行调查和审理。
- 刑事犯罪的处理将依据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释进行，侵占者可能面临刑事处罚。
建议：在处理此类问题时，集团公司应保持冷静和理性，遵循法律程序和规定，确保自身权益得到充分维护。同时，应加强与控股子公司的沟通和协作，共同维护公司的稳定和发展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。