保障性住房划拨补办协议出让在符合法定条件和程序的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法性基础
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》及相关规定，以划拨方式取得土地使用权的房地产，在符合特定条件（如转让房地产时已按照国务院规定报有批准权的人民政府审批）并缴纳土地使用权出让金后，可以转让。这为保障性住房划拨补办协议出让提供了法律基础。
政策支持：
- 政府为了促进住房保障体系的完善，可能会出台相关政策，允许符合条件的保障性住房通过补办协议出让的方式转变为可交易的商品房。这些政策通常会对补办出让的条件、程序、费用等作出具体规定。
二、合法性条件
符合规划要求：
- 保障性住房划拨补办协议出让必须符合城市规划和土地利用总体规划的要求。这包括土地用途、容积率、建筑密度等规划指标必须符合相关规定。
取得批准：
- 根据法律规定，以划拨方式取得土地使用权的房地产转让时，必须报有批准权的人民政府审批。因此，保障性住房划拨补办协议出让前，必须取得相关政府部门的批准。
缴纳土地使用权出让金：
- 划拨土地使用权转变为出让土地使用权时，需要缴纳土地使用权出让金。这是保障性住房划拨补办协议出让的重要条件之一。
符合其他条件：
- 除了上述条件外，还可能存在其他条件，如房屋产权清晰、无纠纷等。这些条件可能因地区和政策的不同而有所差异。
三、合法性程序
申请与审批：
- 申请人需要向相关部门提交申请材料，包括土地使用权证、房屋产权证、规划许可证等。相关部门会对申请材料进行审核，并作出是否批准的决定。
签订出让合同：
- 经批准后，申请人需要与土地管理部门签订土地使用权出让合同，明确双方的权利和义务。
缴纳出让金：
- 申请人需要按照合同约定缴纳土地使用权出让金。出让金的数额通常根据土地用途、面积、位置等因素确定。
办理变更登记：
- 缴纳出让金后，申请人需要办理土地使用权和房屋产权的变更登记手续，将划拨土地使用权转变为出让土地使用权。
四、注意事项
政策变化：
- 保障性住房划拨补办协议出让的政策可能因地区和时间的不同而有所变化。因此，在办理相关手续前，建议咨询当地相关部门或专业律师，了解最新的政策规定。
风险防范：
- 在办理保障性住房划拨补办协议出让过程中，需要注意防范法律风险。例如，确保申请材料的真实性和完整性、遵守相关法律法规和政策规定等。
专业咨询：
- 由于保障性住房划拨补办协议出让涉及复杂的法律问题和程序，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供全面的法律咨询和代理服务，确保办理过程的合法性和顺利性。
如果您在保障性住房划拨补办协议出让方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。