在综合计算工时工作制下，劳动仲裁中的赔偿计算需结合加班事实、审批文件有效性及工资支付情况综合判定，具体分以下情形处理：

1. 未依法审批综合工时制却实际执行
   若企业未向劳动行政部门申请综合工时制审批，或审批已过期仍按此制度安排工作，则所有超出标准工时（每日8小时、每周40小时）的部分均应认定为标准工时制下的加班，需按以下标准支付加班费：

   • 工作日超时：≥1小时部分按150%工资支付；
     
   • 休息日工作：按200%工资支付（且不得调休替代）；
     
   • 法定节假日工作：按300%工资支付。
     法律依据：《劳动法》第44条、《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第4条。

2. 已依法审批综合工时制但存在超周期加班
   若企业已取得审批，需以审批周期（如周、月、季、年）为计算单位，统计周期内总工作时间：

   • 未超总工时：无需支付加班费（但法定节假日工作仍需按300%支付）；
     
   • 超出总工时：超出部分按150%支付加班费（法定节假日工作部分叠加计算300%）。
     示例：月综合工时制审批总工时176小时，员工当月工作190小时（含法定节假日8小时），则加班费计算为：
     
   • 法定节假日8小时×300%=24小时工资；
     
   • 普通超时6小时（190-176-8）×150%=9小时工资；
     
   • 总计应支付33小时工资作为加班费。

3. 未支付法定节假日加班费的特殊情形
   无论是否审批综合工时制，法定节假日工作均需按300%支付工资，且不得以调休替代。若企业未支付，劳动者可主张该部分差额。
   例外：若劳动合同或规章制度明确约定“法定节假日工资已包含在月薪中”，需审查约定是否合法（通常需劳动者签字确认且不低于最低工资标准）。

4. 赔偿主张的实务要点

   • 举证责任：劳动者需提供考勤记录、工资条、审批文件等证据，证明加班事实及企业未足额支付；
     
   • 时效限制：劳动仲裁时效为1年（从知道权益受损之日起算），但劳动关系存续期间可追溯至入职日；
     
   • 计算基数：以劳动合同约定的工资或实际发放的工资（扣除非常规性奖金、福利）为基数，无法确定的按当地社平工资执行。

建议行动：若您涉及此类纠纷，可先整理考勤记录、工资条、综合工时制审批文件等证据，结合上述规则初步计算应得加班费，再通过劳动仲裁主张权益。如有具体数据或合同条款需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为您计算赔偿金额。