可以写一份协议来变更或确认女方获得两个孩子的抚养权，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下从多个角度进行分析：
一、协议变更抚养权的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。同时，离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。
关键点：抚养权并非一成不变，双方可以通过协议的方式变更抚养权，只要该协议符合法律规定且不损害子女的利益。
二、协议变更抚养权的条件
- 双方协商一致：变更抚养权需要双方父母达成一致意见，这是协议变更抚养权的前提条件。
- 不损害子女利益：变更抚养权应有利于子女的成长和发展，不得损害子女的利益。这包括考虑子女的年龄、性别、健康状况、生活环境等因素。
- 合法合规：协议内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。
三、协议变更抚养权的程序
- 协商起草协议：双方父母应就抚养权的变更进行协商，并起草一份详细的协议。协议中应明确变更抚养权的具体内容、抚养费的支付方式和标准、探视权的安排等。
- 签署协议：双方父母在协议上签字或盖章，以表示对协议内容的认可和接受。
- 办理相关手续：如果双方已经离婚，且原离婚协议或判决中涉及抚养权的安排，那么双方可能需要到婚姻登记机关或法院办理相关手续，以确认抚养权的变更。不过，在实际操作中，如果双方能够就抚养权变更达成一致并签署书面协议，且该协议不违反法律规定，通常无需再经过法院或婚姻登记机关的确认。但为了确保协议的合法性和有效性，建议双方在签署协议后咨询专业律师的意见。
四、注意事项
- 协议内容应详细具体：协议中应明确双方的权利和义务，以及变更抚养权后的具体安排，以避免未来可能出现的纠纷。
- 考虑子女的意愿：如果子女已经具备一定的认知能力和表达能力，双方在协商变更抚养权时应考虑子女的意愿和感受。
- 保留相关证据：在协商和签署协议的过程中，双方应保留好相关证据，如聊天记录、邮件、短信等，以备未来可能出现的法律纠纷。
五、法律后果
如果双方能够就抚养权的变更达成一致并签署书面协议，且该协议符合法律规定且不损害子女的利益，那么该协议通常具有法律效力。如果一方违反协议约定，另一方可以依法向人民法院提起诉讼，要求对方履行协议或承担违约责任。
建议：在签署协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策规定，并咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。