在合同纠纷中，当中标通知书与合同内容出现不一致时，确定以何者为准需综合考虑多种因素，并遵循相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则
中标通知书与合同的关系：
- 中标通知书是招标人向中标人发出的确认其中标的正式文件，标志着招投标活动的结束，是双方建立合同关系的重要依据。
- 合同则是双方就特定事项达成一致意见，明确各自权利义务的具有法律约束力的协议。
处理原则：
- 通常情况下，若合同内容不违反法律法规强制性规定和招投标文件实质性要求，以合同约定为准。这是因为合同是双方当事人意思表示一致的结果，具有最高的法律约束力。
- 但若合同中关于不一致内容的条款违反了招投标文件中的实质性内容（如工程价款、工程期限、质量标准等），则该部分条款可能无效，仍应以招投标文件及中标通知书为准。
二、不一致情形的具体处理
合同签订前不一致：
- 在中标通知书发出后，正式签订书面合同前发现不一致，此时应以招标文件和投标文件为准。因为中标通知书是对中标人承诺的确认，其实质性内容应与招标文件和投标文件保持一致。若涉及实质性条款变更，需沟通纠正，确保合同内容符合招投标文件的要求。
合同签订后不一致：
- 若合同签订后发现合同内容与中标通知书不一致，且合同内容不违反法律法规强制性规定和招投标文件实质性要求，则以合同约定为准。
- 若合同内容违反了招投标文件中的实质性内容，则该部分条款可能无效，仍应以招投标文件及中标通知书为准。此时，双方可能面临合同变更或解除的风险，并需承担相应的法律责任。
备案合同优先原则：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》的相关规定，当事人就同一建设工程另行订立与备案中标合同实质性内容不一致的合同，应以备案中标合同为结算工程价款的根据。因此，当合同已经过备案，且备案合同与中标通知书或后续签订的合同存在不一致时，以备案合同为准。
三、实际案例与法院裁决
在实际案例中，法院通常会根据相关法律法规和合同约定进行裁决。特别是当合同已经过备案，且备案合同与中标通知书或后续合同存在不一致时，法院倾向于以备案合同为准。这有助于维护建筑市场秩序，防止“阴阳合同”等损害他人合法权益的行为。
四、建议与预防措施
为避免中标通知书与合同的不一致，建议采取以下措施：
- 加强沟通与明确约定：在招投标和合同签订过程中，双方应加强沟通，确保对合同条款的理解一致，并在合同中明确约定双方的权利义务关系。
- 严格审查与备案：在合同签订前，双方应严格审查合同条款，确保其与中标通知书的内容一致，并及时办理合同备案手续。
- 法律意识提升：增强双方的法律意识，了解并遵守相关法律法规，确保招投标和合同签订活动的合法性和规范性。
总结来说，当中标通知书与合同不一致时，需综合考虑不一致的具体内容、产生时间、是否涉及实质性条款以及合同是否经过备案等因素，并根据相关法律法规和合同约定进行准确判断和处理。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。