综合计时工作制下，员工依然享有年假，年假不应算作工时，且年假一般不需要扣除。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、年假的法律依据与性质
法律依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
年假性质：
- 年休假是法律赋予劳动者的法定休息权利，旨在保障劳动者的身心健康和休息权益。它不同于加班或额外工作，而是劳动者在连续工作一定时间后应享有的休息时间。
二、综合计时工作制与年假的关系
综合计时工作制的定义：
- 综合计时工作制是一种特殊的工时制度，它采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方法。这种制度主要适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。
年假与综合计时工作制的关系：
- 无论企业实行的是标准工时制、不定时工时制还是综合计时工作制，只要职工符合法律规定的休假条件（即连续工作1年以上），就有权享受年休假。年休假是劳动者依法享有的休息权利，与工时制度的类型无直接关联。
- 在综合计时工作制下，年假不应算作工时。因为年假期间，劳动者并未实际提供劳动，而是处于休息状态。将年假算作工时违背了设立年休假制度的初衷，即保障劳动者的休息权利。
三、年假的实际操作与注意事项
工资支付：
- 劳动者在年休假期间享有带薪待遇，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬。这确保了劳动者在享受年休假的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。
工时统计与管理：
- 用人单位在统计和管理综合计时工作制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。这有助于确保工时计算的准确性和合规性，并在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
合理安排工作与休息：
- 用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。这有助于提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
特殊情况的处理：
- 虽然一般情况下综合计时工作制下的年假不需要扣除，但如果劳动合同中有特别且合法的约定（如对于综合计时工作制下的年休假有特别的计算方法或扣除规定），则需要按照劳动合同的约定来执行。然而，这些约定必须符合国家法律法规对于年休假的基本规定，不能侵犯劳动者的合法权益。
四、法律建议
- 对于劳动者：如果遇到关于综合计时工作制下年假被不合理扣除的问题，建议首先与用人单位进行沟通协商；若无法解决问题，可以寻求法律援助或向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息权益得到充分保障。在制定劳动合同和工时管理制度时，应明确年假的相关规定，避免产生不必要的劳动争议。
综上所述，综合计时工作制下员工依然享有年假，且年假不应算作工时。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。