结论：有不动产权证的情况下，相关部门要求缴纳土地相关费用是否合法，需根据具体费用性质、征收依据及程序来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法情形

1. 土地出让金或土地使用费

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关规定，若房屋所占土地为出让性质，且出让合同中明确约定了土地出让金的支付方式、时间等，那么在特定情况下（如土地使用年限续期、土地用途变更等），相关部门有权要求缴纳土地出让金或土地使用费。
   • 分析：若您的不动产权证中明确记载了土地使用权类型为“出让”，且相关部门依据合法程序要求您缴纳土地出让金或土地使用费，那么这种要求是合法的。

2. 土地增值税或契税等税费

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《中华人民共和国契税法》等相关规定，在房屋买卖、赠与、继承等过程中，可能需要缴纳土地增值税、契税等税费。
   • 分析：若相关部门要求您缴纳的是这些税费，且符合相关法律法规的规定，那么这种要求也是合法的。

3. 土地闲置费

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关规定，若土地使用者未按照合同约定的期限和条件开发利用土地，造成土地闲置的，相关部门有权征收土地闲置费。
   • 分析：若您的不动产权证对应的土地存在闲置情况，且相关部门依据合法程序要求您缴纳土地闲置费，那么这种要求同样是合法的。

二、不合法情形

1. 无合法依据的收费

   • 分析：若相关部门要求您缴纳的费用没有明确的法律法规依据，或者超出了法律法规规定的范围和标准，那么这种要求是不合法的。例如，某些地方可能存在乱收费、乱摊派的现象，这种情况下您可以拒绝缴纳，并向相关部门投诉或寻求法律援助。

2. 程序不合法的收费

   • 分析：即使相关部门要求缴纳的费用有合法依据，但如果其征收程序不合法（如未出具合法票据、未告知缴费理由和依据等），那么这种要求也是不合法的。在这种情况下，您可以要求相关部门出示合法依据和程序，或者向相关部门投诉。

三、建议与行动

1. 核实费用性质

   • 建议：首先，您需要核实相关部门要求缴纳的费用性质是什么，是土地出让金、土地使用费、税费还是其他费用。

2. 查阅相关法律法规

   • 建议：其次，您可以查阅相关法律法规，了解该费用的征收依据、范围和标准等。

3. 咨询或寻求法律援助

   • 建议：如果您对相关部门的收费要求存在疑问或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。

4. 保留证据并投诉

   • 建议：在缴费过程中，您应保留好相关票据和证据。如果发现相关部门存在乱收费、乱摊派等违法行为，您可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

总结：有不动产权证的情况下，相关部门要求缴纳土地相关费用是否合法，需根据具体费用性质、征收依据及程序来判断。如果您对相关部门的收费要求存在疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。