核心结论：间接原因造成公司损失3390元，赔偿问题需结合具体原因、过错程度、公司制度及法律规定综合判断，可能涉及全额赔偿、部分赔偿或无需赔偿三种情形。以下分情况说明：

1. 若因员工故意或重大过失导致损失

根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。若员工因故意或重大过失（如违规操作、疏忽大意等）间接导致公司损失，公司有权要求员工赔偿全部或部分损失。

• 赔偿范围：通常以实际损失为限（即3390元），但公司需证明员工行为与损失之间的因果关系。
  
• 例外情形：若公司制度或劳动合同中明确约定了赔偿比例（如按损失的20%-50%赔偿），则需按约定执行；若约定过高（如超过实际损失），员工可主张调整。

2. 若因员工一般过失导致损失

若员工仅存在一般过失（如轻微疏忽），根据《工资支付暂行规定》第16条，公司可要求员工赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

• 操作建议：公司应通过内部流程（如警告、扣绩效等）处理，而非直接要求全额赔偿；若损失较小（如3390元），可能需分多个月扣除。

3. 若因公司管理漏洞或第三方原因导致损失

若损失主要由公司管理不善（如制度缺失、监督不力）或第三方行为（如供应商违约）导致，员工仅起间接作用，则员工可能无需赔偿或仅需承担极小比例责任。

• 举证责任：公司需证明员工行为是损失的直接原因，否则难以主张赔偿。

4. 若劳动合同或公司制度有特殊约定

若劳动合同或公司规章制度中明确规定了间接损失的赔偿条款（如“因员工过错导致公司损失的，按损失的30%赔偿”），则需按约定执行，但约定需符合《劳动合同法》第26条（不得显失公平）。

• 风险提示：若条款未明确“间接损失”或赔偿比例过高，员工可主张条款无效。

行动建议

1. 公司角度：
   
   • 核查劳动合同、公司制度是否明确赔偿规则；
     
   • 收集证据证明员工行为与损失的因果关系；
     
   • 与员工协商赔偿方案，避免激化矛盾。
     
2. 员工角度：
   
   • 要求公司出具损失计算依据及责任认定书；
     
   • 若认为赔偿不合理，可申请劳动仲裁或向法院起诉。
     

温馨提示：具体案件需结合证据和细节分析，若有进一步疑问，可直接向我咨询。