当员工给公司造成5000元损失时，关于如何赔偿的问题，这确实是一个需要细致考虑和妥善处理的情况。以下是我为您详细梳理的赔偿流程和相关要点：
一、明确赔偿责任的前提
主观过错判断：
- 首先，要确定员工是否因故意或重大过失给公司造成了经济损失。如果只是一般的工作失误，且未达到重大过失的程度，那么要求员工赔偿可能缺乏合理依据。
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果确实是因劳动者本人原因给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求员工进行赔偿。
二、确定赔偿方式
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中已经明确规定了员工因故意或重大过失造成损失时的赔偿条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照合同约定来执行。
劳动合同无约定或约定不明确：
- 在这种情况下，公司可以与员工进行协商，共同确定赔偿事宜。协商时，应考虑员工的过错程度、损失的形成原因等因素，以确定一个合理的赔偿金额和方式。实践中，全额赔偿直接经济损失是一种常见的方式，但并非法律强制要求。
三、赔偿金额的限制与计算
赔偿金额限制：
- 如果赔偿金额需要从员工工资中扣除，那么每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。同时，扣除后的剩余工资不得低于当地的月最低工资标准。
赔偿金额计算示例：
- 假设员工月工资为6000元，那么每月最多可以扣除1200元用于赔偿，直到扣满5000元为止。如果员工月工资较低，那么需要确保扣除后的剩余工资不低于最低工资标准。
四、赔偿程序与协商
了解公司规定和劳动合同：
- 员工在面临赔偿问题时，应首先查阅公司的规章制度和劳动合同，了解是否有关于经济损失赔偿的相关规定。
与公司协商：
- 员工可以向公司提出书面的赔偿请求，并附上必要的证据来支持自己的观点。双方应就赔偿金额、支付方式等进行友好协商，争取达成一个一致的解决方案。
履行赔偿义务：
- 一旦双方达成一致，员工应按照约定的方式和时间履行赔偿义务。
五、法律救济途径与注意事项
法律救济途径：
- 如果员工认为公司要求的赔偿不合理，可以与公司进行进一步的沟通协商。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
注意事项：
- 员工在发现损失后应及时向上级领导汇报并说明情况。
- 保留与损失相关的所有证据，以备不时之需。
- 如果对公司赔偿要求存在异议，可以咨询专业律师以获取法律建议。
综上所述，当员工给公司造成5000元损失时，赔偿责任的确定需要综合考虑多方面因素。双方应通过友好协商来确定一个合理的赔偿方案，并确保员工的合法权益得到保障。希望这些信息能对您有所帮助。