施工履约保函的签发与竣工验收证书的签发是两个独立的法律行为，施工履约保函的签发本身并不直接决定竣工验收证书的合法性，但两者在建设工程合同中紧密相关，且均需符合相关法律法规及合同约定。以下从不同角度进行详细分析：

一、施工履约保函的法律性质与作用

施工履约保函是承包人向发包人提供的一种担保方式，旨在确保承包人能够按照合同约定履行施工义务。如果承包人违约，发包人有权依据保函向担保人（通常是银行或保险公司）索赔。施工履约保函的签发，是承包人履行合同义务的一种承诺和保障，但它本身并不直接涉及工程质量的验收或竣工验收证书的签发。

二、竣工验收证书的法律性质与签发条件

竣工验收证书是建设工程完成后，由发包人组织相关单位进行验收，并确认工程符合设计要求、合同约定及国家相关标准后签发的证书。它是工程交付使用、办理结算和保修等后续事宜的重要依据。竣工验收证书的签发，必须满足以下条件：

1. 工程已完成：工程必须按照设计文件和合同约定全部完成，包括主体工程和附属工程。
2. 质量合格：工程质量必须符合国家相关标准和合同约定，经过验收合格。
3. 资料齐全：承包人必须提交完整的工程资料，包括施工记录、质量检测报告等。
4. 无争议：工程款支付、变更签证等事项必须已处理完毕，无争议。

三、施工履约保函与竣工验收证书的关系

虽然施工履约保函的签发与竣工验收证书的签发是两个独立的法律行为，但它们在建设工程合同中紧密相关。具体来说：

1. 履约保函作为担保：施工履约保函为发包人提供了一种保障，确保承包人能够按照合同约定履行施工义务。如果承包人违约，发包人可以依据保函索赔，从而降低风险。
2. 竣工验收作为履约结果：竣工验收是承包人履行施工义务的结果。如果工程通过竣工验收，说明承包人已经按照合同约定完成了施工任务，且工程质量符合要求。此时，施工履约保函的担保责任可能因合同履行完毕而解除或部分解除。
3. 保函退还与验收证书：在实际操作中，发包人通常会在工程通过竣工验收后，将施工履约保函退还给承包人。但这一行为并不直接决定竣工验收证书的合法性，而是基于合同履行完毕的事实和双方约定进行的。

四、合法性判断

1. 如果施工履约保函的签发符合合同约定和法律法规：且工程通过竣工验收，满足签发竣工验收证书的条件，那么此时签发竣工验收证书是合法的。
2. 如果施工履约保函的签发存在瑕疵或违反法律法规：或者工程未通过竣工验收，不满足签发竣工验收证书的条件，那么此时签发竣工验收证书可能是不合法的。这可能导致发包人承担相应的法律责任，如工程质量问题引发的赔偿等。

建议：在建设工程合同中，双方应明确约定施工履约保函的签发、退还条件以及竣工验收证书的签发条件等事项。同时，在工程实施过程中，双方应严格按照合同约定履行各自义务，确保工程质量和进度符合要求。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。