结论：是否同时起诉两家店，需根据具体情况判断，主要看两家店在转让及退款事宜中的法律关系和责任承担情况。以下从不同角度进行分析：
一、若两家店存在明确的法律关系，如转让方与受让方
若转让协议中有明确约定退款责任：
- 如果转让协议中明确规定了，在特定情况下（如消费者要求退款）由哪一方承担退款责任，那么消费者应依据协议约定，向承担退款责任的一方主张权利。
- 示例：若转让协议中约定，转让后原店铺的债务（包括消费者退款请求）由受让方承担，那么消费者应起诉受让方要求退款。
若转让协议中未明确约定退款责任：
- 在这种情况下，需要分析转让过程中是否存在欺诈、隐瞒等违法行为，以及两家店是否共同参与了与消费者的交易行为。
- 若存在共同交易行为：如两家店共同向消费者推销商品或服务，且消费者是在两家店的共同诱导下完成交易的，那么两家店可能构成共同侵权或共同违约，消费者可以同时起诉两家店。
- 若不存在共同交易行为：如转让方在转让前已明确告知消费者店铺即将转让，且消费者是在知情的情况下与转让方完成交易的，那么退款责任应主要由转让方承担（除非受让方自愿承担）。但在此情况下，若转让方已无法联系或无力退款，消费者可能需要根据具体情况，考虑是否将受让方列为共同被告（如受让方在接收店铺时未尽到合理审查义务等）。
二、若两家店不存在明确的法律关系，如仅为名义上的转让
- 在这种情况下，如果消费者是与其中一家店（如原店铺）建立的交易关系，且该店铺在转让后拒绝退款，那么消费者应起诉该店铺要求退款。
- 若另一家店（如新店铺）并未参与交易，且与原店铺无法律上的关联，则消费者无权要求新店铺承担退款责任。
三、法律建议
收集证据：
- 消费者应收集与交易相关的所有证据，如购物凭证、转让协议、沟通记录等，以证明自己的交易行为和退款请求。
分析法律关系：
- 消费者应仔细分析两家店在转让及退款事宜中的法律关系和责任承担情况，以确定应起诉哪一方或双方。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答时可侧重于前述法律分析和建议）：
- 如果消费者对法律关系分析或诉讼程序存在疑问，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和诉讼策略。
考虑诉讼成本：
- 在决定是否同时起诉两家店时，消费者还应考虑诉讼成本（如诉讼费、律师费等）和诉讼效率（如同时起诉可能增加诉讼复杂性和时间成本）。
总结：是否同时起诉两家店需根据具体情况判断。消费者应首先收集证据、分析法律关系，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。