合作社一般不允许直接在耕地上搞建设，但符合特定条件并履行法定程序后可以依法依规进行建设。具体分析如下：

1. 耕地保护的基本原则
   根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，我国对耕地实行严格保护制度，禁止任何单位和个人非法占用耕地建房、建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。合作社作为市场主体，同样需遵守这一原则，未经批准不得擅自改变耕地用途。

2. 例外情形：设施农业用地政策
   若合作社的建设属于农业生产直接相关的设施农业项目（如温室大棚、畜禽养殖场、农产品仓储设施等），可依据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》申请使用耕地。但需满足：

   • 用地规模合理：符合省级制定的设施农业用地标准；
     
   • 备案程序：经乡镇政府审核、县级自然资源部门备案；
     
   • 不破坏耕作层：通过工程措施恢复耕地种植条件。
     例如：合作社在耕地上建设用于种植的连栋温室，若符合上述条件，可依法使用。

3. 违法建设的法律后果
   若合作社未经批准在耕地上建设非农业设施（如办公楼、厂房、民宿等），将面临：

   • 行政处罚：由自然资源部门责令限期拆除、恢复土地原状，并处罚款（《土地管理法》第七十七条）；
     
   • 刑事责任：若占用基本农田5亩以上或一般耕地10亩以上，可能构成非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）。

4. 合规建议

   • 优先使用存量建设用地：通过盘活农村闲置宅基地、工矿废弃地等非耕地资源；
     
   • 申请农用地转用审批：若确需占用耕地，需依法办理农用地转用手续（涉及占用永久基本农田的，需国务院批准）；
     
   • 签订土地流转合同：与村集体或农户明确土地用途、期限及恢复责任，避免纠纷。

提示：合作社在耕地上的建设行为需严格区分“农业生产设施”与“非农建设”，建议提前咨询当地自然资源部门或向我进一步核实用地政策，确保合法合规。