结论：村集体农耕地一般不可以直接以合作社名义盖房，但存在特定例外情形。
一、农耕地保护的基本原则
根据《土地管理法》第四条及《基本农田保护条例》第十七条，我国实行严格的耕地保护制度，农用地（尤其是基本农田）的用途管制遵循以下原则：
- 用途管制：农用地必须用于农业生产，禁止擅自改变用途用于非农建设（如盖房）；
- 审批限制：若需将农用地转为建设用地，必须依法办理农用地转用审批手续，并符合土地利用总体规划。
二、合作社盖房的合法性分析
合作社作为农村集体经济组织的一种形式，其使用农耕地盖房需满足以下条件之一：
法定例外情形
若符合以下条件，可依法申请建设：
- 设施农业用地：根据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，合作社为农业生产配套的设施（如仓储、管理用房）可占用少量农用地，但需符合用地规模限制（一般不超过项目用地5%）并备案；
- 农村集体经营性建设用地入市：若农耕地已被依法纳入集体经营性建设用地范畴（需通过规划调整、土地征收等程序），合作社可通过出让、出租等方式取得使用权后建设，但此情形极少见且程序复杂。
违法情形
若未履行审批手续直接盖房，可能涉及以下违法问题：
- 非法占用农用地罪：根据《刑法》第三百四十二条，占用基本农田五亩以上或基本农田以外的耕地十亩以上建房，可能构成犯罪；
- 行政处罚：根据《土地管理法》第七十七条，可面临拆除建筑物、恢复土地原状及罚款等处罚。
三、实务建议
- 严格履行审批程序
合作社若需建设，应先向当地自然资源部门申请农用地转用审批，并确保符合土地利用总体规划和村庄规划。
- 优先利用存量建设用地
建议通过盘活农村闲置宅基地、废弃工矿用地等存量建设用地，避免直接占用农耕地。
- 咨询专业机构
在项目启动前，可委托土地规划机构编制可行性报告，并由律师审核用地手续合法性，降低法律风险。
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