农村合作社，特别是农机合作社，在占用耕地时必须严格遵守《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规。一般来说，合作社不可以占用耕地进行非农业建设，如建房、建窑、挖砂、采石、采矿、取土等，这些行为都会使耕地种植条件恶化、土质退化、水土流失，破坏耕地质量且不易恢复，是法律所禁止的。

然而，在特定条件下，农机合作社可以依法占用耕地。例如，若因农业生产需要，建设直接用于农产品生产的辅助生产设施（如农机具存放库、晾晒场等），在符合设施农用地相关规定的情况下，可以占用耕地。但此类占用需按照规定办理设施农用地备案手续，向当地自然资源、农业农村等相关部门提出申请，经审核通过并备案后，方可按照批准的用途和要求使用土地。

另外，在特殊情况下，如紧急农业生产救灾、临时性农机作业服务等，农机合作社可能需要临时占用耕地。此类临时占用也需依法进行审批，明确临时用地的期限、范围和使用要求，并在使用结束后按规定对耕地进行复垦，恢复其原有的种植条件。

如果农村合作社未经批准或违反土地利用总体规划，擅自占用耕地，将面临严重的法律责任。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并可能面临罚款、没收建筑物和其他设施等处罚。

因此，农村合作社在占用耕地前，应充分了解相关法律法规和政策要求，确保所有行为均符合法律法规要求。如有需要，建议咨询当地自然资源主管部门或专业律师，以获取准确的法律意见和指导，避免不必要的法律纠纷和损失。