结论：员工在工作未交接的情况下擅自离职，公司确实有权采取法律手段维护自身权益，但直接“起诉”并非唯一或首选途径，具体需根据实际情况和损失情况来决定。
分析如下：
员工责任与义务：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工在离职时有义务完成工作交接，确保公司业务的连续性和稳定性。若员工未履行这一义务，可能构成违约，公司有权要求其承担相应的责任。
公司可采取的措施：
- 协商与沟通：首先，公司可以尝试与员工进行协商，要求其返回完成工作交接。这是最为平和且高效的方式，有助于维护双方的关系，并减少不必要的法律纠纷。
- 扣发工资或奖金：若员工拒绝配合，且其行为给公司造成了实际损失，公司可以根据内部规章制度或劳动合同的约定，扣发其未交接工作期间的工资或奖金，作为对公司的补偿。但需注意，此举需有明确的规章制度或合同约定作为依据，且扣发金额应合理，不得超过员工应得的报酬范围。
- 提起劳动仲裁或诉讼：若员工的行为给公司造成了重大损失，且公司无法通过协商或扣发工资等方式解决，公司可以向劳动仲裁机构提起仲裁，要求员工赔偿损失。若对仲裁结果不满，公司还可以进一步向法院提起诉讼。但需注意，提起仲裁或诉讼前，公司应收集充分的证据，证明员工的违约行为及其给公司造成的损失。
法律后果与考量：
- 员工可能面临的法律责任：若员工被认定存在违约行为，且给公司造成了损失，其可能需要承担赔偿责任，包括但不限于赔偿公司因未交接工作而产生的直接经济损失、额外聘请人员完成交接工作的费用等。
- 公司需考虑的因素：在决定是否提起仲裁或诉讼时，公司需综合考虑多种因素，如损失的大小、证据的充分性、诉讼的成本与效益等。若损失较小或证据不足，提起仲裁或诉讼可能并非最佳选择，因为诉讼过程可能耗时较长，且成本较高。
建议：
- 对于公司而言，在员工离职时，应明确告知其工作交接的义务和重要性，并要求其签署离职交接单等文件，以确保工作交接的顺利进行。
- 若员工拒绝配合工作交接，公司应首先尝试通过协商、沟通等方式解决，若无法解决，再考虑采取法律手段维护自身权益。
- 在采取法律手段前，公司应充分收集证据，证明员工的违约行为及其给公司造成的损失，以提高胜诉的可能性。
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