政府在农村河道治理中，要求施工方直接卖土以抵工程款的行为不合法。以下从多个角度进行分析：

1. 合同关系角度：

   • 政府与施工方之间通常通过签订工程承包合同来明确双方的权利和义务。合同中会详细规定工程款的支付方式、时间以及违约责任等条款。
   • 如果合同中没有明确约定施工方可以通过卖土来抵偿工程款，那么政府单方面要求施工方这样做就构成了违约行为。施工方有权依据合同条款要求政府支付工程款，并可以寻求法律途径维护自己的合法权益。

2. 土地管理法规角度：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得非法转让、出租或者以其他形式非法转让土地。
   • 河道治理中的土方通常属于国家所有或集体所有，施工方并无权擅自处置。政府要求施工方卖土可能涉及非法转让土地的问题，这是违法的。

3. 行政程序角度：

   • 政府作为行政机关，在行使权力时必须遵循法定程序。如果政府认为需要施工方协助处理土方问题，应该通过合法、合规的程序进行，比如与施工方协商、签订补充协议等。
   • 单方面要求施工方卖土以抵工程款，缺乏法律依据和程序正当性，可能构成行政违法。

4. 实际操作与风险角度：

   • 即使政府与施工方之间存在某种口头或非正式的协议，允许施工方卖土以抵工程款，这种做法也存在很大的法律风险和操作难度。
   • 卖土行为可能涉及土地复垦、环境影响评价、税费缴纳等多个环节，如果处理不当，可能会引发一系列法律问题和社会问题。

建议：

• 对于施工方而言，应该坚决拒绝政府的非法要求，并依据合同条款和法律法规要求政府支付工程款。
• 如果政府坚持其要求，施工方可以寻求法律援助或向相关部门投诉举报，以维护自己的合法权益。
• 同时，政府也应该加强自身的法律意识和程序意识，确保在河道治理等工作中依法行事、合规操作。