结论前置：

1. 公司注销本身不必然违法，但若为逃避工伤赔偿责任而恶意注销，则可能构成违法。
2. 二次手术期间公司注销，劳动者仍可通过法律途径主张工伤赔偿。

详细分析：

一、公司注销的合法性分析

公司注销是公司终止的法定程序，只要符合《公司法》及相关法律法规的规定，如完成清算、清偿债务、办理注销登记等，公司注销行为本身是合法的。然而，若公司在明知存在未解决的工伤赔偿问题，尤其是劳动者正在进行二次手术等治疗期间，通过恶意注销公司以逃避赔偿责任，则可能构成违法。这种行为可能违反《公司法》中关于公司清算义务的规定，以及《劳动合同法》、《工伤保险条例》中关于保护劳动者权益的规定。

二、二次手术期间公司注销的处理方式

1. 确认公司注销的合法性：

   • 劳动者应首先通过工商登记部门查询公司注销的相关信息，包括注销原因、清算报告等，以确认公司注销是否合法。
   • 若发现公司注销存在违法情形，如未依法清算、未通知债权人等，劳动者可以向工商登记部门投诉或提起行政诉讼，要求撤销注销登记。

2. 主张工伤赔偿：

   • 向清算义务人主张：根据《公司法》及相关司法解释，公司清算时，清算组应当将公司解散清算事宜书面通知全体已知债权人，并根据公司规模和营业地域范围在全国或者公司注册登记地省级有影响的报纸上进行公告。若清算组未依法履行通知和公告义务，导致劳动者未及时申报债权而未获清偿，劳动者有权向清算义务人（如公司股东、董事等）主张赔偿。
   • 向工伤保险基金或用人单位主张：若公司已依法参加工伤保险，劳动者可向工伤保险基金申请工伤医疗费用、伤残补助等赔偿。若公司未参加工伤保险或工伤保险基金不予赔偿，劳动者可向原公司股东（在清算财产范围内）或实际控制人主张赔偿。
   • 提起劳动仲裁或诉讼：劳动者可向劳动争议仲裁委员会提起仲裁，要求裁决原公司股东或清算义务人支付工伤赔偿。若对仲裁裁决不服，还可向人民法院提起诉讼。

3. 关注二次手术费用及后续治疗：

   • 劳动者应保留好二次手术的相关医疗费用票据、诊断证明等证据，以便在主张工伤赔偿时提供。
   • 若二次手术导致劳动者伤残等级发生变化，劳动者还应及时申请劳动能力鉴定，以便根据新的伤残等级主张相应的伤残补助。

行动建议：

• 劳动者应尽快收集公司注销的相关证据，包括工商登记信息、清算报告、通知公告等。
• 咨询专业律师（即我本人），制定详细的维权策略，包括向哪个部门投诉、如何提起仲裁或诉讼等。
• 在维权过程中，保持与劳动部门、法院等相关机构的沟通，及时了解案件进展情况。