在非吸案（非法吸收公众存款案）中，如果最上面的负责人不认罪，公安机关一般不能直接按第二层的责任人起诉，而是需要依据证据来认定各层级人员的刑事责任。以下是对这一问题的详细分析：

一、刑事责任认定的基本原则

在刑事案件中，每个人的刑事责任都是独立的，需要根据其个人的行为、主观故意以及在犯罪中所起的作用来认定。非吸案中，无论是最上面的负责人还是第二层的责任人，都需要根据各自的犯罪事实和证据来承担相应的刑事责任。

二、不认罪的法律后果

1. 不认罪不影响定罪：即使最上面的负责人不认罪，如果公安机关能够收集到足够的证据证明其犯罪事实，仍然可以对其提起公诉。不认罪只是犯罪嫌疑人的一种态度，不影响定罪的实质性条件。
2. 证据要求更高：在不认罪的情况下，公安机关需要更加注重证据的收集和固定，确保证据确实、充分，能够形成完整的证据链，以证明犯罪嫌疑人的犯罪事实。

三、第二层责任人的起诉条件

1. 独立犯罪事实：第二层责任人是否会被起诉，取决于其是否有独立的犯罪事实。如果第二层责任人确实参与了非法吸收公众存款的行为，并且有足够的证据证明其犯罪事实，那么公安机关可以对其提起公诉。
2. 与最上面负责人的关系：虽然最上面的负责人不认罪，但这并不影响对第二层责任人的起诉。第二层责任人的刑事责任是独立的，不受最上面负责人态度的影响。然而，如果第二层责任人的行为是在最上面负责人的指挥或授意下进行的，那么最上面负责人的态度可能会在一定程度上影响对第二层责任人量刑的考量，但这并不改变第二层责任人应承担的刑事责任。

四、法律程序与证据要求

1. 侦查阶段：在侦查阶段，公安机关会收集证据，查明犯罪事实，并对犯罪嫌疑人进行讯问。如果最上面的负责人不认罪，公安机关会继续收集其他证据，如证人证言、书证、物证等，以证明其犯罪事实。
2. 审查起诉阶段：在审查起诉阶段，检察机关会对公安机关移送的案件进行审查，如果认为证据确实、充分，会依法提起公诉。即使最上面的负责人不认罪，只要证据充分，检察机关仍然可以对其提起公诉。同时，如果第二层责任人也有足够的证据证明其犯罪事实，检察机关也会对其提起公诉。
3. 审判阶段：在审判阶段，法院会依法审理案件，根据证据和法律规定作出判决。如果最上面的负责人不认罪，但法院认为证据充分，仍然可以对其定罪处罚。同样，如果第二层责任人也有足够的证据证明其犯罪事实，法院也会对其定罪处罚。

五、建议与注意事项

1. 积极配合调查：对于涉及非吸案的任何层级人员，都应积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
2. 寻求法律帮助：如果面临刑事指控，建议及时寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，制定合适的辩护策略。
3. 关注证据情况：在案件处理过程中，应密切关注证据的收集和固定情况，确保自己的合法权益得到保障。

总结来说，在非吸案中，最上面负责人的不认罪态度并不影响公安机关对第二层责任人的起诉。每个人的刑事责任都是独立的，需要根据其个人的行为、主观故意以及在犯罪中所起的作用来认定。如果面临此类问题，建议及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。