底薪是否要扣除休息日，这主要取决于工资的计算方式以及劳动合同中的相关约定。以下是对此问题的详细分析：
月薪制且符合标准工时制：
- 对于实行标准工时制（一般为每日工作8小时、每周工作40小时，每周至少休息1天）并以月薪形式发放工资的劳动者，在正常出勤的情况下，休息日是不扣工资的。
- 月薪是根据劳动者一个月内正常工作时间的劳动付出所确定的报酬，正常休息日属于劳动者的法定休息权利，不应影响工资总额。
- 举例：若劳动者月薪为5000元，且按照国家规定的月计薪天数21.75天来计算（即（365天-104天休息日）÷12月=21.75天），只要劳动者当月正常完成工作任务，无论实际出勤天数（包含法定工作日及法定节假日）是多少，都应足额获得5000元工资。
按实际出勤天数或小时计算工资：
- 对于某些临时性、短期性的工作岗位，或者部分小时工等，其工资可能是按实际出勤天数或小时数来计算的。
- 在这种情况下，由于休息日并未实际出勤工作，因此通常不计入工资。
- 举例：某临时工约定日薪为200元，按实际出勤天数结算工资，若该临时工当月实际出勤20天（其中包含5天休息日未出勤），则其当月工资应为200元×20天=4000元。
计件工资制：
- 在计件工资制下，劳动者的工资是根据其完成的工件数量来计算的，与休息日无关。
- 劳动者完成了多少工件，就按照相应的单价获得多少工资，这种计算方式与休息日没有直接联系。
加班及调休情况：
- 加班后调休：如果劳动者在休息日加班，并且用人单位之后安排了调休，那么调休的这一天虽然原本是休息日，但因为是对加班的补偿性休息，所以不影响工资的正常发放，工资仍按正常出勤计算。
- 加班无调休：若劳动者在休息日加班且用人单位未安排调休，根据法律规定，用人单位应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。例如，若劳动者日薪为200元，在一个休息日加班且未获调休，则该日应获得的加班工资为200元×2=400元，这笔加班工资将计入当月工资总额。
注意事项：
- 劳动合同中的约定至关重要。如果合同中有明确规定月薪包含休息日的工资，或者对工资计算方式有具体说明，则应按照合同约定执行。
- 不同地区对于工资支付的具体规定可能存在细微差异，因此在实际操作中应以当地法律法规为准。
总结与建议：
- 底薪是否扣除休息日，并非一概而论，而是取决于工资的计算方式、劳动合同中的约定以及是否存在加班或调休等情况。
- 如果您对自己的工资计算方式存在疑问，或者认为用人单位在工资支付方面存在违法行为，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。