结论：购房合同标的物所有权被侵占时间长达25年，仍然可以提起诉讼，但需考虑诉讼时效、证据收集及法律适用等多方面因素。以下是对这一问题的详细分析：

一、诉讼时效问题

1. 一般诉讼时效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。然而，这一规定主要适用于一般民事纠纷。

2. 最长诉讼时效：

   • 对于涉及不动产（如房屋）的纠纷，存在最长诉讼时效的规定。根据《民法典》第一百八十八条，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但这一规定并非绝对，如果存在特殊情况，如权利人一直不知道其权利受到侵害，或者存在其他合理理由，法院可能会考虑延长诉讼时效。

3. 诉讼时效的中断与中止：

   • 在诉讼时效期间内，如果因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等）导致诉讼时效中断，那么诉讼时效将重新计算。
   • 如果因不可抗力或其他障碍导致权利人不能行使请求权，诉讼时效将中止，待障碍消除后继续计算。

二、证据收集问题

1. 购房合同及相关文件：

   • 购房合同是证明你拥有房屋所有权的关键证据。务必妥善保管购房合同、付款凭证、房屋产权证书等文件。

2. 侵占事实的证据：

   • 需要收集能够证明房屋被侵占的证据，如照片、视频、证人证言、报警记录等。这些证据将有助于证明你的权利受到侵害。

3. 诉讼时效的证据：

   • 如果可能，收集能够证明你一直在主张权利或存在诉讼时效中断、中止情形的证据，如书面催告、律师函、诉讼记录等。

三、法律适用问题

1. 物权保护：

   • 根据《民法典》物权编的规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。如果房屋被侵占，所有权人有权要求侵占人返还房屋并赔偿损失。

2. 侵权责任：

   • 侵占房屋的行为可能构成侵权，侵占人应承担侵权责任，包括停止侵害、返还财产、赔偿损失等。

四、实际操作建议

1. 及时咨询律师：

   • 鉴于案件时间跨度较长，证据收集可能存在困难，且法律适用可能涉及复杂问题，建议及时咨询专业律师，以便制定合适的诉讼策略。

2. 准备充分证据：

   • 在提起诉讼前，务必准备充分的证据来支持你的主张。这包括购房合同、付款凭证、房屋产权证书、侵占事实的证据以及诉讼时效的证据等。

3. 考虑调解或和解：

   • 在诉讼过程中，可以考虑与侵占人进行调解或和解。如果双方能够达成一致意见，可以节省诉讼时间和成本，并避免进一步的法律纠纷。

针对您的情况，虽然房屋被侵占时间长达25年，但并不意味着您无法提起诉讼。关键在于您能否提供充分的证据来证明您的权利受到侵害，并且是否存在诉讼时效中断、中止等情形。因此，我建议您尽快咨询专业律师，以便制定合适的诉讼策略并准备充分的证据来支持您的主张。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。