结论：在担保协议中约定了仲裁的情况下，一般不可以直接向法院申请担保物非诉执行，但存在例外情形。
分析说明：
仲裁协议的一般效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果担保协议中明确约定了仲裁条款，那么双方应当通过仲裁方式解决争议，而非直接向法院提起诉讼或申请非诉执行。
非诉执行的特殊性：
- 非诉执行通常指的是对于某些特定类型的法律文书（如公证债权文书等），在符合法定条件的情况下，可以直接向法院申请强制执行，而无需经过诉讼程序。然而，在担保协议中约定了仲裁的情况下，由于仲裁协议的存在，直接向法院申请非诉执行可能会受到仲裁协议的制约。
例外情形：
- 尽管仲裁协议一般排除了法院的管辖权，但存在某些例外情形。例如，如果仲裁协议被认定为无效（如因一方欺诈、胁迫等手段订立，或者仲裁事项超出法律规定的仲裁范围等），那么当事人仍然可以向法院提起诉讼或申请非诉执行。
- 另外，如果担保物权已经通过公证等方式赋予了强制执行效力，并且符合相关法律规定的其他条件，那么即使担保协议中约定了仲裁，也可能在特定情况下直接向法院申请非诉执行。但这种情况较为特殊，需要具体分析相关法律文书和事实情况。
法律建议：
- 审查仲裁协议：首先，应当仔细审查担保协议中的仲裁条款，确认其是否有效以及是否涵盖了所有可能的争议类型。
- 咨询专业律师：如果对于仲裁协议的效力或非诉执行的可能性存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见。
- 考虑其他解决方式：如果仲裁协议确实排除了法院的管辖权，并且不存在例外情形，那么当事人应当考虑通过仲裁方式解决争议，或者探索其他可能的解决方式（如协商、调解等）。
可能后果：
- 如果无视仲裁协议直接向法院申请非诉执行，可能会被法院以存在有效仲裁协议为由驳回申请。
- 在某些特殊情况下，如果仲裁协议被认定为无效或存在其他例外情形，直接向法院申请非诉执行可能会得到法院的支持。但这种情况需要具体分析相关法律文书和事实情况，并且存在一定的法律风险。
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