结论：越过区域总代理直接开店是否侵权，需根据具体情况判断，主要涉及代理合同、商标权、不正当竞争等多个法律层面。以下从不同角度详细分析：
一、代理合同层面
合同约定：
- 若区域总代理与品牌方（或上级代理）签订的代理合同中明确约定了代理区域、独家代理权等条款，且禁止越区销售或开店，那么越过区域总代理直接开店可能构成违约。
- 违约方需承担合同约定的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
合同相对性：
- 代理合同通常具有相对性，即仅约束合同双方（品牌方与区域总代理）。若第三方（如新开店者）并非合同当事人，则一般不受合同条款的直接约束。
- 但若新开店者与品牌方或上级代理存在其他法律关系（如合作、许可等），则可能需根据具体合同内容判断。
二、商标权层面
商标使用许可：
- 若区域总代理获得品牌方商标的使用许可，并在许可范围内使用商标，那么越过区域总代理直接开店可能涉及商标侵权问题。
- 新开店者若未经商标权人许可，擅自使用其注册商标，可能构成商标侵权，需承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。
商标权的地域性：
- 商标权具有地域性，即在不同国家或地区需分别注册并受保护。若新开店者仅在未获得商标许可的地区开店，且该地区商标权仍属于品牌方，则可能构成侵权。
三、不正当竞争层面
混淆行为：
- 若新开店者通过模仿区域总代理的店铺装修、商品陈列、广告宣传等方式，造成消费者混淆，误认为其与区域总代理或品牌方存在特定联系，则可能构成不正当竞争中的混淆行为。
- 混淆行为需承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。
商业诋毁：
- 若新开店者通过散布虚假信息或误导性信息，损害区域总代理的商业信誉、商品声誉，则可能构成不正当竞争中的商业诋毁行为。
- 商业诋毁行为同样需承担法律责任。
四、其他可能涉及的层面
反垄断法：
- 若品牌方或上级代理通过代理合同等方式限制竞争，如划分市场、限定交易相对人等，可能违反反垄断法相关规定。
- 但此情况通常涉及更复杂的法律分析和证据收集，需具体案件具体分析。
消费者权益保护：
- 若新开店者的行为损害了消费者权益，如销售假冒伪劣商品、提供虚假服务等，则可能面临消费者权益保护法的制裁。
法律建议
审查合同：
- 在开店前，务必审查与品牌方或上级代理签订的合同内容，明确代理区域、独家代理权等条款，避免违约风险。
尊重商标权：
- 未经商标权人许可，不得擅自使用其注册商标，以免构成商标侵权。
避免不正当竞争：
- 在经营过程中，应遵守公平竞争原则，避免混淆行为、商业诋毁等不正当竞争行为。
咨询专业律师：
- 若对法律问题存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更准确的法律意见。
总结：越过区域总代理直接开店是否侵权，需根据代理合同、商标权、不正当竞争等多个法律层面进行综合判断。在开店前，务必审查相关合同内容，尊重商标权，避免不正当竞争行为，并在必要时咨询专业律师。如有具体法律问题，可直接向我咨询。