犯罪嫌疑人因特殊情况被隔离的，其合法权益仍会受到保障，司法程序会依法进行相应调整。具体来说，可以从以下几个角度来分析：

1. 隔离期间的权利保障
   犯罪嫌疑人被隔离期间，其人身自由虽受到限制，但依然享有基本的诉讼权利，如申请取保候审、委托辩护人、与辩护人会见和通信等。如果隔离是因为传染病等特殊原因，相关部门会依法提供必要的医疗条件和生活保障，确保其基本人权不受侵犯。

2. 司法程序的调整
   隔离期间，司法程序会根据实际情况进行合理调整。例如，讯问、提审等环节可能会通过视频会议等方式进行，以确保案件的顺利推进。如果隔离时间较长，可能会影响案件的审理期限，但司法机关会依法延长或中止相关期限，并在隔离结束后恢复程序。

3. 特殊情况下的法律救济
   如果犯罪嫌疑人认为隔离措施侵犯了其合法权益，可以通过法定途径提出申诉或控告。例如，可以向看守所或司法机关提出书面申请，要求解除不合理的隔离措施，或者对隔离期间的违法行为进行投诉。

4. 隔离与刑事强制措施的关系
   隔离本身不属于刑事强制措施，但如果犯罪嫌疑人同时被采取刑事拘留、逮捕等强制措施，隔离期间的时间会依法计入羁押期限。司法机关会严格遵守法律规定，确保羁押期限的合法性。

总结：犯罪嫌疑人因特殊情况被隔离时，司法机关会依法保障其合法权益，并合理调整司法程序。如果遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据你的情况提供更详细的法律建议。