结论：员工提前三十天书面通知用人单位离职，用人单位扣百分之三十工资的行为，在大多数情况下是不合法的。
详细分析：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是法律赋予劳动者的预告辞职权，劳动者只需履行提前通知的义务即可无理由单方解除劳动合同。
- 同时，《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这表明，用人单位有义务按时足额支付劳动者的工资。
扣工资的合法性分析：
- 一般情况下不合法：劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位不得因劳动者提前三十天提出离职而扣发工资。如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定未提前通知离职需扣工资，那么用人单位扣发工资的行为就是违法的。
- 特殊情况下的约定：虽然一般情况下用人单位不得扣发工资，但如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了未提前三十天提出离职需要承担一定的违约责任（如赔偿损失），并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以根据约定要求劳动者承担相应的责任。但需要注意的是，这种约定不能违反法律关于最低工资标准等强制性规定，且赔偿数额应合理，不能随意扣发百分之三十的工资。
实际案例与争议处理：
- 在实际操作中，如果用人单位以未提前三十天提出离职为由扣发工资，劳动者可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
建议：
- 劳动者：在决定离职前，应仔细审查劳动合同，了解自身权利和义务，并遵循法定程序进行离职。如果用人单位存在违法行为或不合理扣发工资的情况，应积极维护自己的合法权益。
- 用人单位：应尊重劳动者的离职权利，不得无故阻挠或扣发其应得的工资和福利。如果确实需要劳动者承担一定的违约责任，应在劳动合同中明确约定，并确保约定合法合理。
可能产生的法律后果：
- 如果用人单位违法扣发工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣发的工资及可能的赔偿金。
- 如果用人单位与劳动者的约定违反法律法规的强制性规定，该约定将被视为无效，用人单位仍需按时足额支付劳动者的工资。
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