工程转包中收取“好处费”的行为，法院通常会认定为违法所得，依法予以收缴，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。以下从不同角度详细分析：

一、民事法律角度

1. 合同效力层面
   工程转包本身违反《民法典》第七百九十一条及《建筑法》第二十八条的强制性规定，属于无效合同。若转包过程中存在收取“好处费”的行为，该费用因缺乏合法依据，法院会直接认定为非法所得，不予保护。例如，转包方与实际施工人约定“好处费”作为转包条件，该条款因违反法律强制性规定而无效，收取方需返还已收款项。

2. 责任承担层面
   若因转包导致工程质量问题或拖欠农民工工资，发包方有权要求转包方与实际施工人承担连带责任。此时，“好处费”可能被认定为转包方违法分包的获利，需在责任范围内予以追缴或抵扣赔偿款。

二、行政法律角度

1. 行政处罚依据
   根据《建筑法》第六十七条及《招标投标法》第五十三条，转包方可能面临没收违法所得、罚款（合同价款0.5%-1%）、责令停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书的处罚。行政机关在查处时，会将“好处费”直接计入违法所得范围予以收缴。

2. 信用惩戒机制
   住建部门会将转包行为纳入企业信用档案，对收取“好处费”的违法主体实施重点监管，限制其参与政府投资项目投标，形成行政与市场双重约束。

三、刑事法律角度

1. 受贿罪与行贿罪的认定
   若“好处费”涉及国家工作人员（如国企项目负责人、行政审批人员），可能触犯《刑法》第三百八十五条受贿罪或第三百八十九条行贿罪。例如，某国企项目经理收受转包方10万元“好处费”后违规批准转包，构成受贿罪；转包方为获取项目主动行贿，构成行贿罪。

2. 对非国家工作人员行贿罪
   若“好处费”给付对象为民营企业管理人员（如项目总监、采购经理），可能构成《刑法》第一百六十四条对非国家工作人员行贿罪。例如，转包方为绕过招标程序，向民营企业项目负责人行贿20万元，双方均需承担刑事责任。

四、实务建议

1. 对发包方
   在合同中明确禁止转包及“好处费”条款，约定高额违约金；加强过程监管，通过资金流向、人员考勤等手段及时发现转包迹象。

2. 对承包方
   避免以“好处费”形式变相转包，可通过合法分包（需经发包方同意且分包给有资质单位）降低风险；若已支付“好处费”，可主张合同无效要求返还，但需承担举证责任。

3. 对实际施工人
   保留转包协议、付款凭证等证据，若因“好处费”导致工程款被扣减，可依据《建设工程司法解释》第四十三条突破合同相对性，直接向发包方主张权利。

工程转包中的“好处费”本质是破坏市场秩序的非法利益，法院会通过民事、行政、刑事手段形成立体化打击。若您涉及具体案件，可进一步提供细节，我将结合证据链为您分析诉讼策略。