工程转包合同纠纷的处理是一个复杂而细致的过程，涉及多个法律层面和实际操作步骤。以下为您提供清晰、详细且有深度的解答：
一、初步协商
纠纷发生后，双方首先应当尝试通过协商的方式解决。依据合同条款以及相关法律法规，明确各自在纠纷中的责任和义务，通过沟通交流，尝试达成和解方案，以和平的方式解决纠纷。这一步是处理纠纷的基础，也是最为高效、经济的方式。
二、合同效力认定
在处理纠纷时，转包合同的效力认定十分关键。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》规定，如果转包行为违反了法律法规的强制性规定，如承包人非法转包工程项目，那么该转包合同将被判定为无效。合同无效时，工程价款会参照合同约定支付，但有过错的一方需要承担相应的赔偿责任。同时，人民法院在认定施工合同无效时，还可以依法收缴当事人已经取得的非法所得。
三、申请仲裁或提起诉讼
申请仲裁：
- 若双方之间存在有效的仲裁协议，且协商无果，可申请仲裁。
- 仲裁的特点在于其裁决具有终局性，一旦作出，双方都需遵守。
提起诉讼：
- 若没有仲裁协议，或者仲裁不是双方愿意选择的解决方式，则可以通过诉讼来解决纠纷。
- 提起诉讼前，需要准备好充分的证据，包括合同文本、施工过程记录、付款凭证等。
- 法院会依据事实和法律进行公正裁判。
四、处理原则与赔偿
承包人与发包人之间的纠纷：
- 如果承包人非法转包工程项目，发包人可以根据施工合同的约定追究承包人的违约责任，并可以依法解除与承包人签订的施工合同。
- 因承包人的非法转包行为造成工期延误或工程质量问题的，发包人还可以向承包人提出赔偿要求。
转包人与被转包人之间的纠纷：
- 转包合同被认定为无效后，转包人与被转包人之间会产生经济损失。
- 对于这些经济损失，应根据双方当事人的过错程度和责任大小，确定他们应当承担的赔偿数额。
五、诉讼当事人的确定
在诉讼中，如何确定各当事人的诉讼地位对于诉讼成败尤为关键。例如：
- 如果分包人对工程转包合同纠纷提起诉讼，应列转包人和被转包人作为共同被告。
- 如果是转包人与被转包人之间的合同纠纷，则以转包人和被转包人为诉讼主体，建设单位列为第三人。
- 如果是发生多次转包的，则列直接产生纠纷的当事人为诉讼主体，将其他各方列为第三人。
六、法律后果与警示
法律后果：
- 违法分包和转包是严重扰乱建筑市场的行为，历来为法律所禁止。
- 实际施工人可以对转包人、违法分包人提起诉讼，还可突破合同相对性，向发包人主张权利。
- 转包人、违法分包人获取的非法所得，人民法院可以依法收缴。
警示：
- 作为建筑施工企业，一定要警惕在工程施工中进行转包行为，以免引发不必要的法律纠纷和经济损失。
综上所述，处理工程转包合同纠纷需要遵循法定程序，明确合同效力，选择合适的解决方式，并准备好充分的证据来维护自身的合法权益。同时，建筑施工企业也应加强内部管理，避免非法转包行为的发生。