公司使用非法改装自卸车辆营运铁路集装箱是违法的。以下从几个方面为你详细分析：

一、非法改装车辆的违法性

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。非法改装车辆，尤其是自卸车辆，往往涉及改变车辆的结构、构造，如加高车厢、更换更强的液压系统等，这些行为都违反了上述法律规定。

二、营运铁路集装箱的合法性要求

营运铁路集装箱通常需要使用符合特定标准和规定的车辆进行运输。这些标准不仅涉及车辆的安全性能，还包括车辆的尺寸、重量、载重能力等方面。非法改装的车辆很可能无法满足这些要求，从而在运输过程中存在安全隐患，如车辆稳定性下降、制动距离增加等，这些都可能引发交通事故，对公共安全构成威胁。

三、法律后果

1. 行政处罚：对于非法改装车辆的行为，交通管理部门有权对车辆进行扣留，并要求车主恢复原状。同时，车主还可能面临罚款等行政处罚。如果公司使用非法改装车辆进行营运，还可能面临更严厉的处罚，如吊销营运资质等。
2. 民事责任：如果非法改装车辆在营运过程中发生交通事故，造成他人损害的，公司作为车辆的使用人和营运者，可能需要承担民事赔偿责任。这包括赔偿受害人的医疗费用、财产损失等。
3. 刑事责任：在极端情况下，如果非法改装车辆的行为构成犯罪，如危险驾驶罪等，公司相关责任人员还可能面临刑事追究。

四、建议

1. 立即停止违法行为：如果公司正在使用非法改装车辆进行营运铁路集装箱，应立即停止这种行为，并尽快将车辆恢复原状或报废处理。
2. 加强合规管理：公司应加强对车辆的管理和合规审查，确保所有营运车辆都符合相关法律法规和标准的要求。
3. 寻求法律帮助：如果公司对相关法律法规不了解或存在疑问，可以寻求专业律师的帮助，以确保公司的营运活动合法合规。

如果你或你的公司在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。