运输公司多台车辆擅自改装，将面临行政处罚，具体处罚措施依据相关法律法规执行。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条的规定，任何单位或者个人不得有下列行为：
- 拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征；
- 改变机动车型号、发动机号、车架号或者车辆识别代号；
- 伪造、变造或者使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志；
- 使用其他机动车的登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志。
运输公司多台车辆擅自改装，显然违反了上述第一项规定，即擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。
二、处罚措施
对于擅自改装机动车的行为，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百条的规定，公安机关交通管理部门将采取以下处罚措施：
- 收缴违法装置：对擅自改装的机动车，公安机关交通管理部门将予以收缴，强制拆除改装部分，恢复机动车原状。
- 罚款：对运输公司处以罚款，罚款金额根据改装车辆的数量、改装程度以及违法情节的严重程度等因素综合确定，一般罚款金额在二百元以上二千元以下。若改装行为情节严重，如改装后用于非法营运等，罚款金额可能会更高。
- 扣留机动车：在必要时，公安机关交通管理部门可以扣留擅自改装的机动车，直至运输公司完成整改并接受处罚。
三、特殊情况与加重处罚
- 改装后用于非法营运：如果运输公司擅自改装车辆后用于非法营运，如超载、超速行驶等，将面临更严厉的处罚。除了上述行政处罚外，还可能涉及刑事责任，如危险驾驶罪等。
- 多次违法：如果运输公司多次擅自改装车辆，且屡教不改，公安机关交通管理部门将依法从重处罚，包括但不限于提高罚款金额、吊销相关运输资质等。
四、法律建议
- 立即整改：运输公司应立即停止擅自改装车辆的行为，对已改装的车辆进行整改，恢复机动车原状。
- 配合调查：在公安机关交通管理部门进行调查时，运输公司应积极配合，提供相关证据和资料，如实说明情况。
- 加强内部管理：运输公司应加强内部管理，建立健全车辆管理制度，确保车辆符合道路交通安全法律法规的要求。
温馨提示：运输公司作为道路运输的主体，应严格遵守相关法律法规，确保车辆的安全性和合规性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。