结论：交通运输局在未发放暂扣凭证的情况下收留营运证，这一行为是否合法，需结合具体情况判断，但通常情况下，行政机关在采取暂扣等行政强制措施时，应依法出具相应的书面凭证，未出具可能构成程序违法。

分析说明：

1. 行政强制措施的程序要求：

   • 根据《中华人民共和国行政强制法》的相关规定，行政机关在实施行政强制措施时，应当遵循法定程序，包括但不限于通知当事人到场、出示执法身份证件、告知当事人采取行政强制措施的理由、依据以及当事人依法享有的权利、救济途径，并听取当事人的陈述和申辩。
   • 特别地，对于查封、扣押等直接涉及当事人财产权益的行政强制措施，行政机关应当制作并当场交付查封、扣押决定书和清单，明确查封、扣押的财物名称、数量等信息。

2. 暂扣营运证的性质：

   • 营运证是车辆从事营运活动的合法凭证，暂扣营运证属于对车辆营运资格的暂时限制，属于行政强制措施的一种。
   • 因此，交通运输局在暂扣营运证时，应遵循行政强制法的相关规定，包括出具暂扣凭证。

3. 未发放暂扣凭证的法律后果：

   • 如果交通运输局在收留营运证时未依法出具暂扣凭证，这可能构成程序违法，影响其行政行为的合法性。
   • 当事人有权对此提出异议，并可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。

特殊情况说明：

• 在某些紧急情况下，如为了防止证据灭失、避免危害发生或控制危险扩大等，行政机关可能需要在未出具书面凭证的情况下立即采取行政强制措施。但即便如此，行政机关也应在事后及时补办相关手续，并向当事人说明情况。

建议与行动：

• 如果您遇到了交通运输局未发放暂扣凭证但收留了营运证的情况，建议您首先与交通运输局沟通，要求其出具暂扣凭证或说明理由。
• 如果沟通无果，或者您认为交通运输局的行为侵犯了您的合法权益，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径来维护自己的权益。

在处理此类问题时，请务必保留好相关证据，如营运证、与交通运输局的沟通记录等，以便在需要时提供证明。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。