结论：事业单位外聘人员持有股份但已退股是否违纪，不能一概而论，需结合具体情况判断，包括事业单位性质、外聘人员身份、持股及退股过程是否合规等。以下从不同角度进行分析：
一、事业单位性质与规定
公益类事业单位：
- 公益类事业单位通常不允许员工（包括外聘人员）持有与本单位业务相关的企业股份，以避免利益冲突和影响公益服务的公正性。
- 若外聘人员在公益类事业单位工作期间持有股份，即使已退股，也可能因违反单位规定或相关法律法规而构成违纪。
经营类事业单位：
- 经营类事业单位可能允许员工（包括外聘人员）持有股份，尤其是当这些单位参与市场竞争时。
- 在此情况下，外聘人员持有股份并退股，若符合单位规定和法律法规，通常不构成违纪。
二、外聘人员身份与职责
高级管理人员或关键岗位人员：
- 若外聘人员担任高级管理人员或关键岗位，其持股和退股行为可能受到更严格的监管。
- 即使已退股，若持股期间存在利用职务之便谋取私利等行为，仍可能构成违纪。
普通员工：
- 对于普通员工，其持股和退股行为通常受到较少的监管。
- 若退股过程合规，且未对单位造成损失或不良影响，通常不构成违纪。
三、持股及退股过程合规性
合规持股：
- 若外聘人员持股时遵守了单位规定、相关法律法规以及股权转让协议等，其持股行为通常是合法的。
- 在此情况下退股，若同样遵守了相关规定和协议，通常不构成违纪。
违规持股或退股：
- 若外聘人员持股时存在违规行为，如未经批准擅自持股、利用职务之便谋取股份等，即使已退股，也可能因违规行为而构成违纪。
- 同样，若退股过程中存在违规行为，如未按规定程序退股、隐瞒退股事实等，也可能构成违纪。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 若外聘人员持股并退股行为构成违纪，可能面临单位内部的纪律处分，如警告、记过、解聘等。
- 在严重情况下，若违纪行为涉及违法犯罪，还可能面临法律责任。
建议：
- 对于事业单位外聘人员而言，在持股和退股前应充分了解单位规定和相关法律法规，确保行为合规。
- 若对持股或退股过程存在疑问或担忧，建议咨询专业法律人士或单位相关部门，以避免潜在的法律风险。
总结：事业单位外聘人员持有股份但已退股是否违纪，需根据具体情况判断。在涉及此类问题时，建议外聘人员充分了解单位规定和相关法律法规，确保行为合规，并在必要时咨询专业法律人士。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。