在行政处罚中，当事人申请合同笔记鉴定，费用原则上由申请人即当事人自行承担，但存在例外情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、费用承担的一般原则
在行政处罚过程中，如果当事人对合同笔记的真实性、合法性等存在异议，并申请进行鉴定，根据一般的法律原则和实务操作，鉴定费用通常由提出申请的当事人自行承担。这是因为鉴定是当事人为了证明自己的主张或反驳对方的主张而主动提出的，属于其举证责任的一部分。
二、费用承担的例外情况
尽管鉴定费用一般由当事人自行承担，但也存在例外情况。具体来说，如果鉴定结果对行政机关的处罚决定产生了实质性影响，即鉴定结果证明了当事人的主张或反驳了行政机关的初步认定，那么行政机关可能会根据具体情况考虑承担部分或全部鉴定费用。这种例外情况通常出现在鉴定结果对案件处理结果具有决定性作用时。
三、相关法律依据与实务操作
- 法律依据：虽然直接的法律法规可能并未明确规定行政处罚中合同笔记鉴定费用的承担问题，但可以根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规的精神进行推断。这些法律法规强调了行政处罚的公正性、合理性和程序正当性，要求行政机关在作出处罚决定时充分考虑当事人的合法权益。因此，在鉴定费用承担问题上，也应遵循这一原则，确保当事人的合法权益不受侵害。
- 实务操作：在实务操作中，行政机关通常会根据案件的具体情况和鉴定结果来决定是否承担鉴定费用。如果鉴定结果对当事人的主张有利，且行政机关认为有必要承担部分或全部费用以体现公正性，那么行政机关可能会作出相应的决定。然而，这种情况并不常见，因为行政机关在作出处罚决定时通常会基于充分的证据和理由，而鉴定费用通常被视为当事人为了证明自己的主张而应承担的成本。
四、建议与注意事项
- 提前了解费用承担问题：当事人在申请合同笔记鉴定前，应提前了解相关费用承担问题，以便做好充分的准备。如果可能的话，可以与行政机关进行沟通协商，明确费用承担的具体方式和比例。
- 保留相关证据：无论鉴定费用由谁承担，当事人都应保留好相关证据，如鉴定申请书、鉴定报告、费用发票等。这些证据在后续的法律程序中可能起到关键作用。
- 寻求专业法律帮助：如果当事人对鉴定费用承担问题存在疑问或争议，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据案件的具体情况和相关法律法规为当事人提供专业的法律意见和建议。
综上所述，行政处罚中当事人申请合同笔记鉴定的费用原则上由当事人自行承担，但存在例外情况。当事人在申请鉴定前应提前了解相关费用承担问题，并保留好相关证据。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。