责令候查单位本身并不直接决定是否停发工资，这主要取决于具体的法律规定和单位内部的规章制度。以下是对这一问题的详细分析：

1. 责令候查的性质：

   • 责令候查通常是一种临时性的措施，用于在调查或审查期间对特定人员或单位进行限制或监控。它本身并不直接涉及工资福利的发放问题。

2. 工资发放的法律依据：

   • 工资发放主要依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。这些法律明确规定了劳动者享有获得劳动报酬的权利，以及用人单位应当按时足额支付工资的义务。
   • 在责令候查期间，如果劳动者仍然在岗工作或按照单位要求履行相关职责，那么单位应当按照法律规定和劳动合同约定支付工资。

3. 单位规章制度的影响：

   • 除了法律法规外，单位内部的规章制度也可能对工资发放产生影响。如果单位规章制度中明确规定了在特定情况下（如责令候查期间）可以停发或减发工资，那么单位可能会依据这些规定执行。
   • 然而，单位规章制度必须符合法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。如果规章制度中的相关规定与法律法规相抵触，那么这些规定将是无效的。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于劳动者而言，如果面临责令候查的情况，并担心工资发放问题，建议首先查阅自己的劳动合同和单位规章制度，了解相关规定。
   • 如果发现单位存在违法停发或减发工资的行为，可以与单位进行协商沟通，要求单位按照法律规定和合同约定支付工资。
   • 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，责令候查单位本身并不直接决定是否停发工资。工资发放问题主要取决于法律法规和单位规章制度的规定。如果劳动者在责令候查期间仍然在岗工作或履行相关职责，且单位规章制度未规定可以停发或减发工资，那么单位应当按照法律规定和合同约定支付工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。