被采取责令候查措施期间，工资处理需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若责令候查与工作无直接关联（如因他人犯罪被牵连调查）
   根据《工资支付暂行规定》第16条，用人单位不得因员工被调查而单方停发工资。若员工未被限制人身自由（如仅需配合调查但可正常出勤），用人单位应按劳动合同约定支付工资；若被限制出勤但未被认定有罪，可协商按事假或带薪假处理，但需员工书面同意。

2. 若责令候查导致员工无法履行工作职责（如被羁押）

   • 短期羁押（如7日内）：用人单位可暂缓支付工资，待员工返回岗位后补发；
     
   • 长期羁押或最终被判刑：根据《劳动合同法》第39条，用人单位可解除劳动合同，但需支付经济补偿金（若羁押非因员工过错导致，补偿标准按工作年限计算）。
     注：若员工被无罪释放，用人单位需补发羁押期间的工资，并可能承担违法解除合同的赔偿责任。

3. 若责令候查期间员工提供劳动（如远程工作）
   用人单位应按实际工作成果支付工资，不得以“调查期间”为由克扣。若员工未提供劳动但可证明因用人单位原因（如未安排工作），仍需支付基本工资。

建议行动：

• 员工应保留用人单位停发工资的书面通知（如有），并记录配合调查的时间、方式；
  
• 用人单位需避免单方停发工资，建议通过协商签订书面协议明确工资支付方式；
  
• 若发生争议，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，需提交劳动合同、调查通知、工资条等证据。
  

如有具体细节（如调查原因、羁押时长等），可进一步向我说明，我会结合案例为您分析。