结论：自动离职的情况下，公司仍然应当开具离职证明。

法律背景与依据：

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这一规定并未将自动离职排除在外，即无论劳动者是主动辞职、被解雇还是自动离职，用人单位都有义务出具离职证明。

自动离职的特殊情况分析：

1. 自动离职的定义：自动离职通常指的是劳动者未按照法定程序或合同约定，擅自离开工作岗位的行为。这种行为可能违反了劳动合同或公司的规章制度，但并不影响劳动者获得离职证明的权利。

2. 离职证明的重要性：离职证明是劳动者与用人单位解除或终止劳动关系的书面证明，对于劳动者后续求职、办理社保转移等手续具有重要作用。因此，即使劳动者自动离职，用人单位也不应拒绝开具离职证明。

3. 用人单位的责任：如果用人单位拒绝开具离职证明，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位履行出具离职证明的义务。同时，用人单位还可能因此承担法律责任，如赔偿劳动者因无法获得离职证明而遭受的损失。

法律建议：

1. 劳动者角度：如果劳动者自动离职后，公司拒绝开具离职证明，劳动者应首先与公司进行沟通协商，要求公司履行出具离职证明的义务。如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 用人单位角度：用人单位应严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，无论劳动者因何种原因离职，都应及时出具离职证明。这不仅是用人单位的法定义务，也是维护劳动者合法权益、构建和谐劳动关系的重要举措。

可能法律后果：

如果用人单位拒绝开具离职证明，除了可能面临劳动监察部门的处罚外，还可能因劳动者无法获得离职证明而遭受的损失（如无法及时入职新单位、无法办理社保转移等）承担赔偿责任。因此，用人单位应高度重视离职证明的开具工作，避免不必要的法律风险。

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