结论：男方申请陪护津贴后，公司扣除其休假工资的行为通常是不合理的，陪护假期间的工资待遇应得到保障，不应被扣除。
一、陪护假的性质与工资待遇保障
陪护假，也称为护理假或陪产假，是员工为照顾患病或生育的直系亲属而享有的一种假期。这一假期制度旨在保障员工有时间照顾和陪伴家庭成员，是员工的一项重要权益。根据相关法律法规及地方性规定，员工在陪护假期间应视为正常出勤，工资、奖金及其他福利待遇应保持不变。这意味着，公司不应因员工申请陪护津贴而扣除其休假工资。
二、具体地方规定与操作实践
地方性法规的明确规定：
- 多数省、自治区、直辖市已通过地方性法规明确规定，男方在享受护理假期间，工资、奖金及福利待遇不变。例如，《北京市人口与计划生育条例》等类似法规均明确指出，男员工在其配偶生育期间享受的陪产假期间，用人单位不得降低其工资或解除与其的劳动合同。
实际操作中的普遍做法：
- 在实际操作中，各地普遍遵循地方性法规的规定，确保男员工在休护理假期间能够享受到与正常出勤相同的工资待遇。休假天数通常根据地区不同而有所差异，但大多为一定天数（如15天），部分地区可能更长。
三、公司扣除休假工资的可能原因及合法性分析
公司内部规章制度：
- 如果公司内部有明确的规章制度规定陪护假期间工资的处理方式，且该规章制度不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能依据此规章制度进行操作。然而，这种规章制度通常不能排除或变相减少劳动者依法应享受的护理假工资待遇。
对陪护津贴的误解：
- 公司可能误将陪护津贴视为对工资的替代，从而决定扣除休假工资。但实际上，陪护津贴和工资是两个不同的概念。陪护津贴是公司或政府为鼓励员工照顾家庭成员而提供的一种福利或补贴，而工资是员工因提供劳动而应得的报酬。两者并不冲突，也不应相互替代。
合法性分析：
- 从法律角度来看，公司扣除休假工资的行为缺乏合法依据。除非公司能够证明其扣除行为符合法律法规或内部规章制度的规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，否则这种行为可能构成违法。
四、员工应对策略与建议
与公司协商：
- 首先，员工可以尝试与公司进行沟通，明确指出其行为违反了相关法律法规和地方性规定，要求公司补发被扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查和处理，确保法律得到执行。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若上述途径均未能解决问题，员工还可以向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请或向法院提起诉讼，通过法律程序要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿。
总结与建议：男方在申请陪护津贴后，公司扣除其休假工资的行为通常是不合理的。员工应了解自身权益，积极与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。同时，也建议公司严格遵守相关法律法规和地方性规定，尊重并保障员工的合法权益，共同营造和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。